分子模拟软件amber_Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学

与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场（详见http://sobereva.com/115），如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；这里将介绍用Gaussian计算RESP电荷，交由Amber生成GAFF力场下的拓扑文件，最后用GROMACS模拟的过程。

软件版本：AmberTools18，Gromacs 2019-beta-1 GPU版

1.使用G16计算RESP电荷

首先应先在b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) empiricaldispersion=gd3下进行优化，得到大致合理的结构，再进行静电势计算

静电势计算的GJF文件如下
%nprocshared=24
%mem=40GB
%chk=gc5ay.chk
# b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity
empiricaldispersion=gd3 pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
Symmetric GC5AY
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*中略*
gc5ay.gesp

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