信号通路怎么读_奥利给~~代谢通路富集分析原来还可以这么做?

本文介绍了如何使用R语言的ggplot2包来改进代谢通路富集分析的气泡图,添加代谢通路名称,提高图表的可读性。通过数据处理和作图逻辑,详细阐述了从数据准备到绘图的步骤,提供了一种在不熟练R语言的情况下,利用欧易/鹿明生物云平台快速作图的替代方案。
摘要由CSDN通过智能技术生成

近几十年,系统生物学慢慢走近科研者的视野,主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里,解析直接原因和根本原因,深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中,最终都要落脚到功能注释和通路富集分析,其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样,通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物,以便进行后续的数据挖掘。

小鹿在往期文章中,向大家推荐过一个代谢组学分析工具MetaboAnalyst网站(详情请戳实用锦囊:MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操)MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ )。MetaboAnalyst网站主要用于数据筛选和数据标准化处理功能、代谢通路富集等功能。

在上期的推文中我们用MetaboAnalyst快速、简单完成了数据筛选和代谢通路富集图。但拿下图用MetaboAnalyst画出来的气泡图来看,你看出来了吗?似乎缺少点什么?

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嗨~~发现了吗?这张气泡图有一个显而易见的缺点,那就是没有显示代谢通路的名称。那么,有没有什么方法可以满足我们看到代谢通路名称的需求呢?

答案是肯定的,方法也是有的。它来自贝尔实验室,它最擅长的就是用五彩斑斓的图给你好看,它是可视化的主宰……数据绘图的先锋

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