r语言legend_Waterfall plot 瀑布图(R语言)

本文介绍了如何在R语言中创建瀑布图,主要用于展示肿瘤学研究中受试者对治疗的响应。瀑布图通过条形长度展示每个样本相对于基线的变化百分比,并按变化值降序排列。文中提供了一系列代码示例,包括基本瀑布图绘制、图表美化以及区分不同亚组的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

使用场景:

瀑布图通常用于肿瘤学相关研究,以图形方式表示每个受试者/样本对治疗的定量反应。在典型的瀑布图中,x轴用作响应变量的基线值。对于每个受试者/样本,从基线沿正向或负向绘制竖线,以描绘受试者/样本响应中自基线的变化。因此,y轴代表响应中相对于基线的变化,通常表示为百分比,例如肿瘤大小的变化百分比或某些标志物水平的变化百分比。最重要的是,在瀑布图中,条形图按百分比变化值的降序排列。

上代码:

#安装R包install.packages("waterfalls")library(waterfalls)library(ggplot2)#数读取数据data "abc.xlsx",header=T)#查验和数据筛选,2-31行,第1,2,11列data1data[data1

结果1:

id  death   Per54   1      17.30769215   0      16.00000031   1      15.25423730   0      15.15151522   0      14.54545546   1      13.04347828   0      11.76470636   1      10.90909132   1       7.40740752   1       7.14285713   0       7.01754439   1  
R语言中,我们可以使用ggplot2包来绘制肿瘤临床试验的瀑布图瀑布图用于展示每个治疗组的相对效果,包括每个治疗组的个体数据和治疗效果的总结统计。 首先,我们需要准备数据集,其中包含每个治疗组的观测值和治疗效果的统计值。数据集可以包含治疗组的名称、治疗组的效果大小、效应大小的置信区间等。 使用ggplot2包的方式如下: 1. 导入ggplot2包和其他所需的包: ```R library(ggplot2) ``` 2. 准备数据集,假设我们有一个数据框df,包含"Cohort"(治疗组名称)和"Effect"(治疗效果大小)两列: ```R df <- data.frame(Cohort = c("A", "B", "C", "D"), Effect = c(1.2, 0.8, 1.5, 0.5)) ``` 3. 创建瀑布图: ```R ggplot(data = df, aes(x = Cohort, y = Effect, fill = Cohort)) + geom_bar(stat = "identity") + geom_text(aes(label = Effect), vjust = -0.5) + xlab("Treatment Group") + ylab("Effect Size") + ggtitle("Waterfall Plot of Tumor Clinical Trial") + theme_bw() ``` 在上述代码中,我们使用ggplot函数创建了一个绘图对象,并指定了数据df作为数据源。通过aes函数,我们将治疗组"Cohort"映射到x轴,效果大小"Effect"映射到y轴,并使用治疗组作为填充颜色。 使用geom_bar函数,我们创建了一个条形图,并使用stat = "identity"参数使条形的高度等于效果大小。使用geom_text函数,在每个条形的顶部添加效果大小的标签,并使用vjust = -0.5将标签上移一些,以便更好地显示。 通过xlab、ylab和ggtitle函数,我们设置了x轴、y轴和图形标题的标签。最后,使用theme_bw函数,我们将主题设置为简洁的黑白样式。 通过运行以上代码,我们可以在R中绘制肿瘤临床试验的瀑布图。通过调整参数和添加其他细节,如置信区间的显式表示,我们可以进一步定制和美化瀑布图以满足分析需求。
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