蛋白结构推理预测
关注
分享
扫一扫
文章平均质量分 93
深度学习、语言模型的Folding
Blockbuster_drug
实践、分享、传播
展开
-
AlphaFold v3.0.1 conda版本详细安装与使用
2024年11月11日，AlphaFold 3.0.0源代码正式对外开源，仅限非商业用途使用，提供docker版本的使用介绍。本文提供AlphaFold 3.0.1 conda版本的安装及使用方法。原创 2025-02-19 17:15:17 · 1847 阅读 · 0 评论 -
蛋白结构预测OmegaFold的安装及使用
OmegaFold的工作原理是将蛋白质的序列输入到一个深度神经网络模型中，该模型经过训练可以从序列中学习到蛋白质的结构信息。模型使用的是大量已知结构的蛋白质数据进行训练，并通过比对已知结构与预测结构之间的相似性来评估预测结果的准确性。原创 2024-04-04 20:08:56 · 1474 阅读 · 7 评论 -
生物分子体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的conda环境部署及使用
本文提供了生物体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的Conda安装及使用体验。原创 2024-03-12 10:46:42 · 4886 阅读 · 22 评论 -
蛋白结构预测RoseTTAFold2的安装及使用
本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验。本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验，并在实例上与AlphaFold2和ESMFold的表现与耗时做了比较。原创 2024-03-07 07:00:00 · 4440 阅读 · 5 评论 -
蛋白结构预测模型评价指标
本文汇总了AlphaFold和AlphaFold-multimer等蛋白结构推理预测中，不同蛋白结构预测模型的评价指标。供大家参考。原创 2024-02-26 22:18:56 · 10015 阅读 · 3 评论 -
AlphaFold2.3 conda版本详细安装与使用
（1）结合AlphaFold官方提供了Docker安装指引，本文提供了conda版本的安装，配合run_alphafold.sh脚本使用更加方便。（2）根据AlphaFold官方python脚本，更新了run_alphafold.sh中的models_to_relax参数，便于AF2.3版本使用。（3）对alphafold预测结果使用Pymol根据pLDDT染色。原创 2024-02-02 19:31:51 · 5742 阅读 · 29 评论 -
ESMFold conda安装、使用及与AlphaFold的简单比较
ESMFold 是一款由 Meta AI 团队开发的高精度蛋白质结构预测工具。相较于其他蛋白质结构预测方法，例如 AlphaFold2 和 RoseTTAFold，ESMFold 具备更快的预测速度。（1）ESMFold官方提供安装指引较为繁琐，本文提供了conda版本的快速便捷安装方法。（2）通过案例介绍ESMFold单个结构序列和批量结构序列的预测方法。原创 2024-02-20 15:30:32 · 7779 阅读 · 25 评论