LeDock系列
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开源分子对接软件LeDock的使用案例
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实践、分享、传播
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开源分子对接软件Ledock之--CPU并行用于虚筛选
LeDock是一款开源分子对接软件,过往的对比研究显示LeDock在配体构象生成和打分上具有比较优势,从使用上看对接计算速度亦具有明显优势。LeDock默认使用单线程CPU计算分子对接任务,单机使用对当前多核心多线程的CPU利用不够。本文介绍采用GNU parallel并行计算以及使用Slurm提交任务提高CPU利用率,实现高通量虚拟筛选,适合单机及HPC。过往使用案例中,100个线程的机器每天可实现30~50万+小分子数据库的虚拟筛选,每天可以完成一个靶点在Specs数据库上的虚拟筛选工作。原创 2024-02-12 13:19:32 · 1785 阅读 · 1 评论 -
开源分子对接软件LeDock之--在单机上快速部署及使用
本文介绍开源分子对接软件LeDock在Linux Ubuntu上快速便捷安装及简易使用原创 2024-02-07 18:00:00 · 1193 阅读 · 0 评论