指纹
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CA&AI-drugdesign
这个作者很懒,什么都没留下…
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使用可解释的人工智能解释现实世界中药物设计数据集的结构-活性关系
Harren, Tobias等人于2022年在Journal of Chemical Information and Modeling上发表了一篇“Interpretation of Structure–Activity Relationships in Real-World Drug Design Data Sets Using Explainable Artificial Intelligence”。下面我们来做一下翻译和解读。翻译 2022-08-24 16:26:53 · 1549 阅读 · 0 评论 -
Neuraldecipher-逆向工程:从扩展连接性指纹(ECFPs)到其分子结构
保护分子结构,使其不被外界所知,对工业和私人协会(如制药公司)来说具有重要意义。在外部合作时,将分子结构编码为描述符,并以此来交换数据集是很常见的。因为诸如扩展连接性指纹(ECFPs)等分子指纹通常在定量结构-活性关系任务中表现良好,所以我们经常使用这种描述符进行交换。由于ECFPs的计算方式,它们通常被认为是不可逆转的。在本文中,我们提出了一种快速的逆向工程方法,来基于给定的ECFPs推导其分子结构。...翻译 2022-08-17 16:18:31 · 1271 阅读 · 0 评论 -
ECFP、FCFP和SMILES的内在原理
指纹是一种非常有用的低分辨率的分子表征,其形式多种多样。在过去几十年中,指纹已被应用于解决各种问题。扩展连通性指纹(Extended Connectivity Fingerprints,ECFP)是当下最广受使用用于构建化合物定量构效关系(QSAR)模型的分子指纹。ECFP 于 2000 年随着 Pipeline Pilot 的发布而首次引入。在 RDKit 中,ECFP 指纹又叫 Morgan 指纹,其原因为ECFP的核心思想来自于 Morgan 算法,该算法试图为分子中的每个原子分配一个唯一的、连续的原创 2022-05-15 23:14:43 · 6807 阅读 · 5 评论 -
如何使用RDkit计算Morgan指纹并对其进行可视化
Morgan指纹中更广为人知的是圆形指纹,该指纹是通过将 Morgan 算法应用于一组用户提供的原子不变量而构建的(具体原理参考上一条帖子)。 生成 Morgan 指纹时,还必须提供指纹的半径。Morgan指纹,例如原子对(atom pair)和拓扑扭转(topological torsions),默认使用计数,但也可以将它们计算为位向量。下面我们以丁酰胺为例向大家展示如何计算其指纹(计数和位相连):图1 丁酰胺的结构式from rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit原创 2022-05-17 22:19:58 · 4023 阅读 · 0 评论