药物筛选
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CA&AI-drugdesign
这个作者很懒,什么都没留下…
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如何安装Amber 23——2.1. 基本安装指南
如果发现 "possible FAILURE"的信息,请转到 $AMBERHOME/AmberTools/test 或 $AMBERHOME/test 的子目录,查看 "*.dif "文件。与编译一样,如果您在个别测试中遇到问题,不妨注释掉 Makefile 中的某些行 (例如 $AMBERHOME/AmberTools/test/Makefile 或 $AMBERHOME/test/Makefile),和/或直接进入测试子目录详细检查输入和输出。时,"源 "目录(提取文件的目录)必须与安装目录不同。原创 2023-12-25 14:06:44 · 1336 阅读 · 0 评论 -
采用类药五规则成功设计药物的案例
在药物设计中采用类药五规则(Lipinski’s Rule of Five)的一个著名例子是非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)伊法韦伦(Efavirenz)的开发。伊法韦伦是用于治疗HIV的药物,其设计过程考虑了类药五规则,以确保良好的。尽管利托那韦的分子量超过500,但它在其他三个规则上的合规性,加上其在HIV治疗中的高效性和良好的药代动力学特性,使它成为类药五规则成功应用的一个例子。该药物的化学结构经过优化,以确保其具有良好的吸收、分布、代谢和排泄(ADME)特性,同时保持其对靶点的有效性。原创 2023-12-25 14:03:28 · 129 阅读 · 0 评论 -
RosettaFold、ProteinMPNN和AlphaFold之间的主要区别
预测精度和效率:AlphaFold在预测精度方面取得了显著的成就,而RosettaFold和ProteinMPNN在某些应用场景下可能提供更广泛的功能。功能和应用:RosettaFold和AlphaFold更注重于蛋白质结构的预测,而ProteinMPNN则提供了结构以外的功能和相互作用预测。功能焦点:AlphaFold专注于使用深度学习来预测蛋白质的三维结构,尤其擅长处理蛋白质的折叠问题。功能焦点:ProteinMPNN不仅能预测蛋白质的结构,还能预测蛋白质的功能和它们之间的相互作用。原创 2023-12-21 16:28:56 · 518 阅读 · 0 评论 -
Amber中的信息传递——章节1.2-第三部分
参见第 16.3 节。该程序可根据多个 CPout 或 CEout 文件的 cphstats 或 cestats 输出,自动拟合所有可滴定残基的 pKa 或标准氧化还原电位值。用于将 CHARMM-GUI 脂质生成器创建的 PDB 转换为 Amber 和 AmberTools 程序可识别的 PDB 的脚本。用于为 MMPBSA 创建必要的、自一致的 prmtop 文件的程序,只需一个起始拓扑文件。根据 CYANA 中的偶极子信息制作限制文件的程序,与 sander 的 nmropt=1 设备一起使用。原创 2023-10-07 19:23:13 · 777 阅读 · 0 评论 -
Amber中的信息传递——章节1.1-第二部分
*LEaP:**是在 Amber 中创建新系统或修改现有系统的主要程序。它是 MCPB 在 Python 中的重新实现,具有更高效的工作流程,并自动集成了以前版本中的许多建模过程。提供了一种生成膜系统的简单方法,无论是否含有蛋白质,只要用 Memembed 确定输入蛋白质的方向,并使用 Packmol 作为堆积引擎即可。**pdb4amber:**通常帮助准备来自其他地方(如 rcsb.org)的 pdb 格式文件,使其与 LEaP 兼容。这些力场可直接用于 LEaP,也可作为进一步开发参数的起点。原创 2023-10-07 19:01:23 · 224 阅读 · 0 评论 -
Amber中的信息传递——章节1.1-第一部分
该数据库包含标准氨基酸、N 端和 C 端带电氨基酸、DNA、RNA 以及常见糖类和脂类的拓扑信息。其他分子的拓扑信息(标准数据库中没有)保存在用户生成的 "residue files "中,这些文件通常使用 antechamber 创建。**拓扑和坐标文件(通常称为 prmtop 和 prmcrd,但也可使用任何合法文件名)**创建完成后,可使用 parmed 脚本检查和验证这些文件并进行修改。系统中每个原子的笛卡尔坐标。这些文件可 "按原样 "用于蛋白质和核酸,用户也可自行准备包含对标准力场修改的文件。原创 2023-10-07 16:36:20 · 102 阅读 · 0 评论 -
AMBER介绍
即使您是一位经验丰富的 Amber 用户,本章中也可能会有您遗漏的内容,或对您有帮助的新功能。Amber 软件套件分为两部分: AmberTools23 主要是根据 GPL 许可免费提供的程序集,而 Amber22 则以 pmemd模拟程序为中心,并继续按照之前的许可协议发布,如果您想了解更多有关基本生化模拟技术的信息,可以参考各种好书,从入门介绍[5-7] 到液态模拟方法的标准著作[8-10] ,再到涵盖生物分子建模许多重要方面的多作者汇编[11-15] ,已经有成千上万的人学会了使用 Amber;原创 2023-10-07 11:09:08 · 630 阅读 · 0 评论 -
如何获取Amber22
在任何情况下,加利福尼亚大学均不对任何间接、特殊或后果性损害负责,例如但不限于预期利润损失或与您使用本软件或本协议规定的服务有关或由此产生的其他经济损失,即使加利福尼亚大学已被告知发生此类损害的可能性。对于被许可人或任何其他人因使用本程序而遭受的任何直接的、间接的或其他的损失,不论许可人在授予本许可之前是否能够预见,许可人都不承担任何责任。您不得向贵组织以外的其他人分发本软件的副本,并且只能制作本协议允许的安装和使用本软件所必需的副本,或者用于备份和存档记录的副本。请注意,非商业使用无需支付许可费用。原创 2023-10-07 10:34:46 · 96 阅读 · 0 评论 -
如何获取AmberTools23——1
它提供了一种简单的方法来开始使用 AmberTools,并将其安装到许多工作流程中。AmberTools 组件是免费的,其大部分组件都根据 GNU 通用公共许可证 (GPL) 发布。《参考手册》为 pdf 格式(http://ambermd.org/doc12/Amber23.pdf),包含在发行版中。,如果您希望将 AmberTools 与 Amber 结合使用,则需要完整的源代码发行版。如果只在 AmberTools 中使用 conda,则无需创建新环境)。然后按照说明重新构建安装。原创 2023-10-07 10:23:17 · 977 阅读 · 0 评论 -
amber使用教程1——搭建虚拟体系之准备结构
您将使用的力场类型取决于系统中使用的结构类型以及您有兴趣研究的相互作用。pdb4amber 可以分析和清理 PDB 文件,以便进一步使用,尤其是在 Amber 的 LEaP 程序中。有关拓扑和坐标文件以及 Amber 信息流程的更多信息,请阅读《Amber手册》第 1.1 节。为此,您必须加载一个描述系统中分子势能的力场。有关使用 LEaP 构建系统的更多信息,请返回 "构建系统 "教程页面,查找与您的系统相关的信息。本页重点介绍 pdb4amber,它是准备用于 LEaP 的 pdb 文件的推荐方法。原创 2023-10-06 16:16:36 · 561 阅读 · 1 评论 -
如何计算结合自由能——对比实验和计算模拟结果的重要桥梁
3、MM/PBSA 和 MM/GBSA:这是根据分子力学计算和可溶解表面积(SASA)估算结合自由能的近似方法。这些方法的计算成本低于 MD 模拟,但提供的信息不够详细。2、MD衍生方法(AIchemical methods): 这些方法使用 MD 模拟计算系统在不同状态(如结合态和非结合态)之间转换时的自由能变化。1、分子动力学 (MD) 模拟: 分子动力学模拟是计算结合自由能的常用方法之一。4、机器学习方法: 最近,深度学习和随机森林等机器学习方法被用于根据从分子结构和模拟中提取的特征预测结合自由能。原创 2023-10-06 15:43:21 · 707 阅读 · 0 评论 -
分子动力学模拟的原理及基本流程
结合目标分子、溶剂、离子和其他相关分子的分子结构,创建完整的系统。如果您的系统需要离子来保持电荷中性或模拟特定的离子条件(如盐浓度),则应添加离子并将其适当置于溶剂中。1、模拟原子之间的相互作用需要用到分子力场,分子力场U包括两大部分:成键相互作用和非键相互作用。使用分子可视化工具(如 VMD、PyMOL)和数据分析软件对模拟结果进行可视化和解释。在所需的集合(NPT 或 NVT)和条件(温度、压力和时间步长)下启动MD 模拟。模拟体系是被高度简化的,一般包括水、无机离子、蛋白质、(小分子)。原创 2023-10-03 12:44:22 · 2544 阅读 · 0 评论 -
如何使用alphafold进行蛋白质结构预测
AlphaFold 是 DeepMind 开发的一种基于深度学习的方法,用于预测蛋白质的三维(3D)结构,精确度极高。AlphaFold 蛋白结构数据库将随着时间的推移不断更新和改进,因此如果您现在还找不到要找的内容,请关注 DeepMind 和 EMBL-EBI 的社交渠道,了解最新信息。AlphaFold 以快速和自动化的方式提供高精度的三维结构,彻底改变了蛋白质结构预测领域。预测的蛋白质结构可用于各种应用,包括药物发现、蛋白质工程、了解蛋白质功能以及研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用。原创 2023-10-02 11:21:21 · 2923 阅读 · 0 评论 -
量子化学与分子动力学模拟的差别
总之,量子化学和分子动力学模拟在分子系统研究中相辅相成。量子化学可提供精确的电子结构信息,但受到计算成本和系统规模的限制。另一方面,分子动力学模拟允许研究人员研究更大的系统和随时间变化的动态过程,但依赖于经典近似。它使用薛定谔方程来求解电子的波函数,提供有关能级、电子密度、电子跃迁和分子性质的信息。通过这些模拟,可以深入了解分子系统的运动、构象变化和热力学特性。用于了解分子性质、化学反应、电子光谱以及新分子和材料的设计。MD 模拟的计算成本较低,可用于较大的系统和较长的时间尺度,量子化学主要研究原子和。原创 2023-10-01 21:26:40 · 587 阅读 · 0 评论 -
如何评价化合物的类药性?
1、Lipinski’s Rule of Five(Ro5):Lipinski’s Rule of Five 是一种广泛使用的准则,是评估类药性或确定具有某种药理或生物活性的化合物是否具有使其成为口服活性药物的化学特性和物理特性的经验法则。测量化合物的类药性是药物发现和开发过程中的一个重要步骤,目的是评估一个分子是否具有作为潜在药物进行进一步开发的特性。类药性是一个复杂的概念,需要考虑各种分子和物理化学特性。7、基于片段的方法: 基于片段的药物设计方法是将化合物分解成较小的片段,然后评估这些片段的类药性。原创 2023-09-30 18:42:17 · 1045 阅读 · 1 评论