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RSS订阅原创 【单细胞测序攻略：二聚体过滤】DoubletDecon包过滤Seurat对象的二聚体（Doublet）
单细胞测序攻略：二聚体过滤——DoubletDecon包攻略DoubletDecon介绍提醒：1.一直到2020年7月一直在更新，直接对接seurat比较好用2.需要单个样本全部seurat流程走一遍，导出所需文件后进行去除二聚体过程3.去除二聚体以后用subset取去除二聚体后文件的细胞名称，即可得到取出后的交集注意：不要用Improved_Seurat_Pre_Process，会报错代码来源：参考文献：安装包加载包readQCSeurat_Pre_Process()注意：Improved_Seurat_
2020-10-09 21:48:46
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原创 【R语言报错解决-中文注释乱码】Mac平台R Studio打开R markdown及script文件，中文注释出现乱码的解决方法——文字编码选择
问题来源Mac的用户经常在打开之前保存的R Studio里的R markdown及script文件时，里面的中文注释出现了乱码，如？？？之类的。如何解决？思路来源调整编码格式，参考了 Celine_y 的方法，但是没找到GBK格式，经过一个个试过去之后，发现，utf-8格式可以正常显示操作流程在Rstudio界面：Tools -> Global Options -> Co...
2019-09-07 18:04:19
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原创 【R语言报错解决】—存在非数值型变量，Error in c_max * c_min : non-numeric argument to binary operator，如何在数据导入后转为数值型变量？
目录一、问题回顾corrplot及pheatmap均无法绘制热图并报错二、分析原因报错显示出现了非数值型变量三、解决方案——将整个矩阵转化为数值型变量注意：不能直接用as.numeric,会把矩阵全部转成一列向量apply命令解决结果展示作者介绍一、问题回顾corrplot及pheatmap均无法绘制热图并报错corrplot(test,is.corr=FALSE)Error in c_...
2019-09-06 21:49:19
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转载 【R语言编程—转载】——随机数生成的两种方式sample()函数和分布抽取runif/ rnorm
@[TOC](随机数生成的两种方式sample()函数和分布抽取runif/ rnorm)背景介绍由R生成的随机数实际上伪随机数，也就是说，随机数是由某种算法而不是真正的随机过程产生的，随机数生成器需要一个初始值来生成数字，该初始值叫做种子。通过把种子设置为特定的值，可以保证每次运行同一段代码时都能生成相同的随机数。R使用set.seed(n)函数来设置种子值，n是一个正整数，不同的种子会生...
2019-07-21 17:54:10
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原创 【R语言编程：For循环的应用】——批量多行数据按列分组差异分析（KW:Kruskal-Wallis检验，F test：方差分析）用于生信分析
批量多行数据按列分组进行差异分析（KW:Kruskal-Wallis检验，F test：方差分析）应用场景——按列分组，批量对多行数据进行差异分析1、DNA甲基化芯片——450K、850K等DNA甲基化芯片可以自行提取GenomeStudio检测的数据，通常有40多万行，每一行是一个CpG位点，每一列是一个标本，需要按列分组进行差异分析2、其他微阵列芯片一些其他微阵列芯片数据，按列分组进...
2019-07-21 17:39:34
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翻译 【R语言帮助文档翻译】——广义线性模型glm(Fitting Generalized Linear Models)
glm(Fitting Generalized Linear Models)帮助文档翻译简介Descriptionglm被用于拟合广义线性模型，特别是通过给出对线性预测子的符号描述以及对误差分布的描述用法Usageglm(formula, family = gaussian, data, weights, subset, na.action, start = NULL, etast...
2019-07-14 17:44:16
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原创 【数据可视化（图形绘制）攻略】——分组箱式图结合散点图（R语言ggplot2）实现差异分析、非参数Spearman等级相关分析
分组箱式散点图关键词提示：ggplot2；结合箱式图、散点图；顺序分布；描述组间分布和趋势应用背景数据展示功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLo...
2019-07-07 18:05:32
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转载 CSDN-markdown编辑代码备份
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Ma...
2019-07-07 16:06:30
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原创 【数据可视化（图形绘制）攻略】——配对样本T检验/Wilcoxon配对秩检验
配对样本参数/非参数检验的图形可视化攻略ggpubr包的应用配对T检验和Wilcoxion配对非参数检验的图形可视化均可以应用ggpubr包，简单好用。可达到如下效果哟~安装包install(ggpubr)数据整理data <- data.frame(before = datapairCC,after=datapairCC, after = datapairCC,after=da...
2018-12-22 15:30:31
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空空如也
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