【R语言编程:For循环的应用】——批量多行数据按列分组差异分析(KW:Kruskal-Wallis检验,F test:方差分析)用于生信分析

本文介绍了如何使用R语言进行批量多行数据的差异分析,特别是针对DNA甲基化芯片数据和微阵列芯片数据。通过for循环实现按列分组,分别进行方差分析和Kruskal-Wallis检验。文章详细阐述了数据生成、计算p-value的步骤,并指出在不同操作系统上可能遇到的问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

应用场景——按列分组,批量对多行数据进行差异分析

1、DNA甲基化芯片——450K、850K等

DNA甲基化芯片可以自行提取GenomeStudio检测的数据,通常有40多万行,每一行是一个CpG位点,每一列是一个标本,需要按列分组进行差异分析

2、其他微阵列芯片

一些其他微阵列芯片数据,按列分组进行差异分析

3、其他情况

其他需要对多行分别进行按列分组差异分析的情况

第一步:产生数据

随机产生,设置抽取范围,分为低中高三组

Low1 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low2 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low3 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low4 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low5 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low6 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low7 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low8 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low9 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)
Low10 <- runif(50, min = 0, max = 0.333)

Med1 <- runif(50, min = 0.334, max = 0.666)
Med2 <- runif(50, min = 0.334, max = 0.666)
Med3 <- runif(50, min = 0.334, max = 0.666
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