最新版FragPipe安装和使用教程

 下载最新版的FragPipe 点这里 ，下载第二个包含有Java环境的，第一个要配置Java环境，很麻烦

将压缩包放置在你想要放置的目录下，比如我的放在 D:\SoftwareStore\ 这个路径下解压缩就会得到 FragPipe-jre-22.0

现在我们进入 D:\SoftwareStore\FragPipe-jre-22.0\fragpipe\bin下，打开 fragpipe.exe

然后我们就看到了如下的界面，我们要配置MSFragger和Python环境，MSFragger可以在右边按钮直接下载，填写完基本信息之后下载，python环境的话，下载一个Anaconda Download，然后找到base环境下的python路径就可以，或者新建一个python环境，这里的python要求是 Python 3.9, 3.10, or 3.11，不是这些版本都不行。

以上就是基本的配置了。接下来使用这个软件，参考 Using FragPipe | FragPipe (nesvilab.org)：

第一步，假如我有一批原始的raw文件，然后根据图示操作即可。

第二步，在Database选项中上传蛋白数据库，若直接上传fasta文件需点击Add decoys添加decoy数据，同时也可在Download中直接下载Uniprot的蛋白数据 

第三步，在MSFragger选项中根据需求选择搜库参数，如Precursor/Fragment mass tolerance，Missed cleavages等。

第四步，在Quant (IsoBaric)中可点击Edit/Create查看annotation.txt的内容是否有误。在Group by中可选择输出文件的层次如PSM，Peptide，Protein等 

第五步，在Run选项中选择输出文件位置，随后点击RUN开始搜库