服务器维护
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不巧,缘分刚刚好......
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配置服务器
无原创 2024-07-17 15:09:37 · 991 阅读 · 0 评论 -
Linux:No space left on device的解决方法
参考:linux "No space left on device" 磁盘空间解决办法 - 小姐,请叫我“序员”好吗 - 博客园 (cnblogs.com)什么是inode?inode在linux中,每个文件,不管大小是多少都会对应一个inode,inode就是一个专门用来保存文件属性,权限和指针(指向block)inode满了会导致什么问题?首先,在linux中,有两个概念,就是block和inode。block:用于存放实际数据;inode:存放文件属性,只要这两个其中一个占.原创 2021-12-01 17:34:16 · 2809 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 18.04.6 LTS (CPU版) 安装CCMpred
摘自:ubuntu18.04安装CCMpred_Gentlezzx的博客-CSDN博客(1)首先从官网下载CCMpred安装包,添加环境变量chenqiufen@cpuserver-14:~$ git clone --depth=50 --branch=master https://github.com/soedinglab/CCMpred.g itchenqiufen@cpuserver.转载 2021-10-17 17:30:36 · 938 阅读 · 4 评论 -
在 Linux 上一次性批量重命名一组文件
我有一组文件如下图所示,我想把它的后缀名.pdb全部改成.fasta。chenqiufen@cpuserver-14:~$ cd /home/chenqiufen/ContactMap/data/seq_data/chenqiufen@cpuserver-14:~/ContactMap/data/seq_data$ ls *.pdbchenqiufen@cpuserver-14:~/ContactMap/data/seq_data$ rename 's/pdb/fasta/' *....原创 2021-10-14 14:50:23 · 413 阅读 · 0 评论 -
查看Linux服务器性能
参考:(1)linux服务器性能查看_陈袁的博客-CSDN博客_linux查看性能(2)Linux查看服务器资源配置及性能 - 知乎写在前面当我们在使用服务器时,如果发现服务器运行较慢,使用top、 uptime 、 w等命令查看一下,那些进程耗费CPU资源过多,如果是垃圾进程,可以杀死。服务器性能好坏如何分辨?有哪些衡量标准?摘自知乎:服务器性能好坏如何分辨?有哪些衡量标准? - 知乎服务器是整个网络系统和计算平台的核心,许多重要的数据都保存在服务器上,很多网络服务都在服务器..原创 2021-10-11 16:38:59 · 4366 阅读 · 4 评论 -
部署“曙光”服务器深度学习环境
(1)阅读相关文档(2)Anaconda 安装 (3)pip install torch出现如下的错误:依据提示添加了各种channels,但还是失败,然后想到了手动下载torch安装包,还是出错:于是乎,重新安装anaconda并新建环境安装annaconda下载链接:Anaconda | Individual Editionhttps://www.anaconda.com/products/individual#macos(1)在家目录下创建文件夹并运行安..原创 2021-10-09 20:30:45 · 1642 阅读 · 0 评论 -
使用scp把另外一台服务器上的文件夹/文件拷贝到当前服务器
目的:把另外一台服务器上的文件夹拷贝到当前服务器上一、复制文件夹(1)从远端服务器将文件夹拷回当前服务器# scp -r 远端服务器账号@IP:源目录 目标路径scp -r cqfnenu@XX.XX.XX.XX:/home/cqfnenu/contact-prediction /home/chenqiufen/遇到了问题如下所示(远端主机标识已更改):REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! 根据提示解决方法如下:方法:使用s原创 2021-10-04 15:56:10 · 4429 阅读 · 0 评论 -
Linux sed 命令
Linux sed 命令Linux sed 命令 | 菜鸟教程 (runoob.com)sed是一种在线编辑器,它一次处理一行内容。处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为“模式空间”(pattern space),接着用sed命令处理缓冲区中的内容,处理完成后,把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行,这样不断重复,直到文件末尾。文件内容并没有 改变,除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件;简化对文件的反复操作;编写转换程序等。Linux sed 命令是利用脚本原创 2021-09-15 11:08:28 · 128 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu18.04下的一些常用小命令
【注:笔记于2019年10月4日记录在OneNote里的,现在把它们迁移到CSDN里。】##################################################################一、查看ubuntu中安装的python路径> 方法1:在终端输入命令:whereis python> 方法2:在终端输入命令:which python二、查看Ubuntu中安装的python版本号方法1:> 查看python2版本:...原创 2020-12-22 23:22:29 · 361 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu18.04下实现网上批量下载后缀名为pdb.gz的文件
【注:笔记于2019年10月31日记录在OneNote里的,现在把它们迁移到CSDN里。】PDBTM的网址:http://pdbtm.enzim.hu/data/database/下载目录中 能够使用通配符匹配的文件。命令如下: wget-c -r -np -k -L -p -A'*.pdb.gz' http://pdbtm.enzim.hu/data/database/ wget-c -r-np -k-L -p-A'*.pdb.gz' ...原创 2020-12-22 23:12:19 · 863 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu18.04+BLAST环境下安装Swiss-Prot和UniRef(二)
【注:笔记于2019年10月7日记录在OneNote里的,现在把它们迁移到CSDN里。】(1)安装Swiss-Prot1.准备安装包先去uniprot官网下载uniprot_sprot安装包(.fasta格式的):https://www.uniprot.org/【注:可以通过wget直接下载在服务器指定的文件夹下】2.解压上传下载到本地以后解压,把文件(只要文件夹下面的文件)拷贝到服务器 /usr/local/blast/db目录下3.安装打开终端界面,切换到 ...原创 2020-12-22 23:07:44 · 1726 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu18.04下安装blast+(一)
【注:笔记于2019年10月6日记录在OneNote里的,现在把它们迁移到CSDN里。】1.配置环境:Ubuntu18.042.下载BLAST软件到本地桌面在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATESET/下下载安装包:ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz。注:或者通过wget直接下载到服务器指定的目录3.解压到本地桌面4.通过Xftp在 /usr/local/ 目录下...原创 2020-12-22 23:00:57 · 2695 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu18.04服务器注意事项
【注:笔记于2019年10月7日记录在OneNote里的,现在把它们迁移到CSDN里。】1.Ubuntu默认是没有ssh服务的,且ssh服务没有开机启动,需要安装和设置开机自启动,不然一重启服务器就停了。因此我们需要手动设置服务器开机自启动。【参考博文链接可解决这个问题:https://jingyan.baidu.com/article/09ea3ede459728c0aede39f1.html】(1)打开终端(以下操作全都是在root权限下操作的)(2)输入命令"sudo apt -y i原创 2020-12-22 22:52:10 · 244 阅读 · 0 评论 -
Pycharm远程调试设置
注:这个是我研一入学的时候负责阿里云服务器部署的时候,导师要求写一个怎么用pycharm连接服务器并学会本地编辑、远端调试代码的说明文档。写文档时间:2019年10月7日# ========================================================准备工作1.去官网下载Pycharm专业版,社区版没有远程调试功能,要序列号,用学校邮箱注册一个,安装在本地2.去官网下载Python解释器(3.6版本以上)或者Anaconda,安装在本地本机环境原创 2020-12-22 22:33:50 · 492 阅读 · 0 评论 -
查看sshd状态时,报“Could not load host key”错误的解决方法
晚上实验室的GPU服务器突然连不上了,MaboXterm提示:The remote unexpectedly shuts down the network connection(远程端意外关闭网络连接)。用‘service ssh status’查看sshd服务运行状态,出现了如图所示的error提示。error:Could not load host key: /etc/ssh/ssh_host_rsa_keyerror:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@原创 2020-12-19 22:01:04 · 8334 阅读 · 8 评论 -
一个半小时解决GPU服务器TensorFlow的历程
问题是这样产生的:实验室师姐在GPU服务器上跑深度学习代码时报错说没有padas这个模块,于是给她开了sudo权限让她自己pip install一下。然后我就没管了。后来据她说她把padas重新卸载了,然后又重新装了之后,导致keras不能用了。具体什么原因我也不知道,我直接一上服务器就先安装keras,结果发现服务器上已经有keras这个模块了。然后我进入python环境下测试keras和TensorFlow是否能用,但但但就是报了如下所示的错误:查阅资料后发现是服务器GPU的版本原创 2020-12-15 20:43:04 · 387 阅读 · 0 评论 -
MongoDB的一些常用命令积累
(1)登录MongoDBcqfnenu@BioCompute:~$ mogodb(2)查看有哪些数据库> show dbs(3)删除数据库> use DrugKB> db.dropDatabase()(4)修改数据库名# 修改数据库名,利用dropDatabase,copyDatabase修改Database名称> db.copyDatabase('old_name', 'new_name')> use old_name > .原创 2020-12-15 11:06:43 · 110 阅读 · 0 评论 -
确保MongoDB使用了符合口令复杂度规则的口令
今天登陆阿里云后台监测发现我们的服务器安全评分也太低了吧。然后我进行了一个扫描发现是MongoDB登录账户设置的账号密码太过于简单了。修复操作步骤:1.打开mongodb客户端; 2.执行命令:use admin; 3.登录管理员账户:db.auth("<username>","<password>"); 4.执行命令:use <db_name>,db_name为待修改用户所属的数据库名;5.执行命令:db.updateUser('<..原创 2020-12-05 16:43:35 · 3782 阅读 · 4 评论 -
Linux创建用户和删除用户
刚刚在实验室CPU服务器上创建账号的时候发现出现以下提示:root@user:~# adduser 20testuseradduser: Please enter a username matching the regular expression configuredvia the NAME_REGEX[_SYSTEM] configuration variable. Use the `--force-badname'option to relax this check or reconfi原创 2020-11-26 11:08:18 · 21394 阅读 · 4 评论 -
nvidia-smi 报错:无法与NVIDIA driver 通信的解决过程
由于下大雪导致学校断电一整天,因此放在机房的服务器也停止运行一天。昨天早上去重启的时候,报了个错,于是就更新了系统内核版本。这个错解决了,但是由于更新了Centos系统的内核之后,NVIDIA就不能用了,这是因为进入的系统默认使用最新的,而这个最新的却不会把之前安装的nvidia驱动也迁移过来,所以导致:驱动崩坏——>重装驱动——>更新内核——>驱动崩坏——>重装驱动 的恶性循环。-bash-4.2# nvidia-smiNVIDIA-SMI has failed..原创 2020-11-23 16:09:12 · 1764 阅读 · 0 评论 -
解决GPU服务器SSH远程连接不上的问题
断电后重启实验室的GPU服务器,然后设置开机自启动SSH远程访问服务时,一直报错。于是怀疑是 /etc/ssh/sshd_config文件里没有把一些东西的注释删掉,于是做了以下操作:(1)查看服务器是否安装SSH-bash-4.2# rpm -qa | grep sshopenssh-keycat-7.4p1-11.el7.x86_64fence-agents-ilo-ssh-4.0.11-66.el7.x86_64libssh2-1.4.3-10.el7_2.1.x86_64ope原创 2020-11-21 12:26:38 · 1926 阅读 · 1 评论 -
话MongoDB二三事
意料之中的我们实验室服务器上的MongoDB数据库又被黑客黑了,而且还勒索!!!太不能忍了。面对这种事情还能怎么办,只能是硬着头皮重装MongoDB和改个端口号呗,和万恶的黑客斗智斗勇,太刺激了,查阅资料发现我们得做一系自身的防范措施。(1)换端口号:首先呢MongoDB常用的端口号是27017,由于黑客作案手段高明,时常通过该端口攻击目标服务器数据库。所以我们得设置一个黑客猜不到的(那如果黑客写一个程序从1-65535挨个尝试那就。。。。。。。),例如1023以后的除了27017的随便一个原创 2020-11-17 10:31:46 · 132 阅读 · 2 评论