python for循环创建一个array_使用for循环构建NumPy数组(列表列表?)

该博客探讨了在处理DNA序列时遇到的问题,尤其是构建一个数组来存储k聚体(k-mers)。作者遇到了因为空数组和未知列数导致的错误。尝试使用列表和numpy数组两种方式,但都遇到了索引错误。博客寻求一个更有效的方法来解决这个问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我正在尝试构建一个数组,其中每行包含来自不同序列的k聚体(k长度核苷酸串) . 我一直在读你不能真的有空数组,我很难尝试使用追加 .

bases = ['A', 'T', 'C', 'G']

self.profile = np.array([])

for x in range(1):

k = self.ksize

kmer = [''.join(p) for p in itertools.product(bases, repeat=k)]

for i in range(0, len(self.motifs)):

for q in range(0, len(kmer)):

if kmer[q] in self.motifs[i]:

self.kmers.append(kmer[q])

self.profile[i] = self.kmers

我在这里得到的错误是:“IndexError:索引0超出了0号轴的大小为0”

我意识到这是因为我没有指定数组的形状,但我只知道会有多少行,我不知道会有多少列(列大小取决于有多少k-mers是在每个序列中找到) .

如果我尝试将其列为“列表列表”:

bases = ['A', 'T', 'C', 'G']

self.profile = list()

for x in range(1):

k = self.ksize

kmer = [''.join(p) for p in itertools.product(bases, repeat=k)]

for i in range(0, len(self.motifs)):

for q in range(0, len(kmer)):

if kmer[q] in self.motifs[i]:

self.kmers.append(kmer[q])

self.profile[i] = self.kmers

我得到:self.profile [i] = self.kmers IndexError:列表赋值索引超出范围

有一个更好的方法吗?

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