最近在学ggplot2,小有心得,愣是没忍住想跟大家分享下。
要学习ggplot2,咱的思维得要大变,因为ggplot2无论是数据的输入格式还是作图的命令风格跟常规的R作图函数都有较大差别。
1、首先ggplot2的输入格式就跟咱们常见的数据有点不一样
假设我们要做个柱状图,常规R用的barplot输入格式是这个样子的一个二维矩阵,如我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度,需要在第一行找到E1,然后在第一列找到Akkermansia,两者的交点即是我们所要找的丰度。
但是在ggplot2中,这个格式要变成这个样子
聪明的你肯定能看出来是发生了什么变化(怎么变成这样子的,其实就只需一条命令)。
同样我们要查看E1样品中Akkermansia这个菌的丰度,直接按行搜索即可(黄底)。你可以理解为,前面两列(Species 和Sample)分别是两个“坐标”,最后一列(Abundance)是其对应的值。
2 、其次是命令风格也不同,话不多说,直接看命令。
首先从百度云盘下载我们提供的示例数据(下载地址见文末),将它放到你的R的当前工作目录,可通过在命令行输入getwd()查看你的工作目录,也可以通过下面的命令修改工作目录。
setwd(“E:/R-work/ggplot2”) ###修改R的工作目录,因为Spe_matrix.txt文件在此目录下
spe
spe
spe ###查看spe