php开发环境 gent,植物科学常用数据库和生物信息学工具 2020正式版

https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13

牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站

http://abc.gao-lab.org/index.php

北京大学应用生物信息学中心

https://www.expasy.org/

瑞士生物信息研究所的生物信息资源门户网站，涵盖各种生物研究数据库和软件工具

http://www.bioinfo.wsu.edu/

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

https://www.agbiodata.org/

农业生物数据库和相关资源综合平台

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比较基因组学资源库

https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

植物比较基因组学数据库

http://www.plantontology.org

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

http://harvest.ucr.edu/

作物EST序列及相关分子信息数据平台

http://www.gramene.org/

用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

https://www.uniprot.org/

蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

http://urgi.versailles.inra.fr/

针对有农学意义的植物研究生物信息平台

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

GO分析工具包和数据库综合平台

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

基于Web的用于表达定量性状位点(eQTL)研究的工作台和数据库

http://www.plantgdb.org/

植物基因组序列数据库

https://mpss.danforthcenter.org/index.php

二代测序(NGS)数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因组数据库

http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/

植物染色质状态信息数据库

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因数据库

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

http://metacrop.ipk-gatersleben.de

作物代谢途径数据库

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

植物器官研究数据库

http://www.drastic.org.uk

植物细胞的信号转导分析数据库

http://www.pathoplant.de

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物转录因子数据库

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物转录因子数据库

http://psorf.whu.edu.cn/

植物小型开放阅读框架(sORF)数据资源库

http://uorflight.whu.edu.cn/

植物uORF翻译调控相关数据库

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

作物EST数据库

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

植物顺式调控DNA元件数据库

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

植物线粒体蛋白运输元件数据库

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

拟南芥和玉米蛋白质组数据库

http://atted.jp/

基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

植物Circular RNAs数据库

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性状全球数据库

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因组加倍的数据库

http://www.mirbase.org/

生物microRNA数据库

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA数据库

http://bis.zju.edu.cn/pmirkb/

模式植物拟南芥和水稻的microRNA数据库

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA

植物基因集富集分析平台

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非编码RNA数据库

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

植物长非编码RNA数据库

http://prgdb.org/prgdb/

植物抗病R基因数据库

https://www.inetbio.org/aranet/

拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库  http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物启动子数据库

http://www.pmiren.com/

植物miRNA综合数据库

http://www.mbkbase.org/

水稻、小麦和大豆的分子育种资源库

http://epigenome.genetics.uga.edu/PlantMethylome/

植物DNA甲基化数据库

http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics

从植物多组学数据中检索获取上游调控因子的数据驱动平台

http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com.au/

植物SNP检索数据库

http://www.p3db.org/

植物蛋白磷酸化数据库

http://phytamp.pfba-lab-tun.org/main.php

植物天然抗菌肽数据库

http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

植物竞争性内源RNA数据库

http://www.byanbioinfo.org/plamom/

用于检索，分析和预测植物移动大分子包括RNA和蛋白质的数据库平台

https://cvalues.science.kew.org/

用于获取和比较植物基因组大小的数据库

https://plantreactome.gramene.org/index.php?lang=en

植物代谢和调控通路数据库

http://plantpis.ba.itb.cnr.it/

植物蛋白酶抑制剂数据库

http://plantdhs.org/

植物DNase I超敏位点数据库

http://bis.zju.edu.cn/pnatdb/

植物天然反义转录本(Natural Antisense Transcripts)数据库

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom

植物启动子数据库

http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/

用于研究植物物种和基因组进化中的微卫星DNA和标记开发的数据库

http://pogs.uoregon.edu/#/

旨在促进有关植物基因功能和基因模型的跨物种推断的关系数据库

http://plants.proteincomplexes.org/

植物蛋白复合物组分以及蛋白间稳定互作图谱数据库