list批量赋值_R语言_批量生存分析

对TCGA数据进行差异基因分析后，如果也下载到了相应的临床数据，如有必要，可以绘制差异基因所对应的生存曲线。如果差异基因比较多，一个一个的提取数据绘制生存曲线费事、费力，结果也不肯定。所以，有没有懒省事的方法？如果能够实现批量绘制生存分析那就太好了。其实对于任何一个结果的得到，都需要自己的一些数据处理，数据处理的前体是你需要对数据分析的格式、目的或者概念有清晰的认识，这样才能做出符合要求的结果。本次批量生存分析前就需要数据处理：得到差异基因、生存资料和差异基因信息相匹配、差异基因表达信息相匹配、计算各个差异基因在样本中的均值，并根据均值进行分组为high和low组，最后才是批量生存分析。既让我能得出结果，说明这些代码是可行，如果你一次两次没有得出结果，建议一步一步操作。相信别人，更相信你自己。

##更改正确的工作路径（略）
##数据加载
load("lung.RData")##加载生存资料信息
load("TCGA_data_exp.RData")##加载表达矩阵及差异分析结果
colnames(lung)##生存资料信息
##得到差异基因
deg=tT[which(tT$FDR<0.01 & abs(tT$logFC)>5),]

######

gene=deg$GENEs
n=rownames(lung)
gene_exp=exp[gene,n]##得到差异基因的表达数据并匹配到含有生存数据的数据框中
gene_exp=data.frame(gene_exp)
gene_exp=t(gene_exp)
#rownames(gene_e