ubuntu安装vasp_Ubuntu常用软件的安装

最新推荐文章于 2024-07-25 11:55:02 发布

zqnr

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文章标签： ubuntu安装vasp

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42226397/article/details/112944912

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前面一节我们介绍了Ubuntu虚拟机的安装，今天就介绍一些Ubuntu常用软件的软装。大部分极其简单，敲个命令，输入下密码就能解决。少部分非常简单，设置下环境变量就可以解决。有些安装比较蛋疼的可以借助第三方平台比如Anaconda等来安装，也可以归纳到非常简单的行列中。所以，So easy！！！

1 第一件事：

打开终端(CONTROL + ALT + T)，创建~/bin 文件夹。

1qli@bigbrosci:~$ mkdir ~/bin

这个文件夹用于存储一些日常的脚本文件，可执行的小程序。平时勤备份也不会占用太大空间。

2 命令安装程序

复制下面的sudo apt-get命令，输入到Terminal中，回车，输入密码即可。

21sudo apt-get update

sudo apt-get install python3-pip

sudo apt-get install curl

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py --output get-pip.py

sudo python get-pip.py

sudo apt-get install vim

sudo apt-get install vim-gtk

sudo apt-get install sshfs

sudo apt-get install rename

sudo apt-get install xclip

sudo apt-get install git

sudo apt-get install gnuplot

sudo apt-get install xcrysden

sudo apt-get tree

sudo apt-get install inkscape

sudo apt-get install fish

sudo apt-get install tmux

sudo apt-get install texlive-full

sudo apt-get install kile

pip 用来安装python程序；

vim就不介绍了；

sshfs 用来把服务器挂载到本地电脑，方便传输数据；

rename 可以很方便批量命名；

xclip 可以把命令的输出复制到剪切板里面，方便鼠标粘贴；

git 用来从git-hub下载，上传，管理一些脚本程序等，

gnuplot 画图用的

xcrysden 可视化软件

tree 方便显示文件目录

inkscape 一款非常好用的做图软件

fish，tmux 装逼效果明显，没对象的重点关注下，好好学习一番，当然功能没的说，很强大。

Latex 写文章的可以使用最后两个命令安装。

其他的暂时也想不起来，如果你有推荐的，可以发邮件给我，后面再添上去。(lqcata@gmail.com)

3 安装Anaconda

它可以帮助你节省很多时间和精力去安装软件。下载后，按照下面命令，然后一路狂摁回车或者输入yes即可，官网也有安装教程，这里就不累赘了。通过Anaconda安装其他软件，可以参考前面的教程：https://www.bigbrosci.com/2020/09/19/A20/

10qli@bigbrosci:~/Downloads$ ls

Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh p4vasp-0.3.30.tgz

qli@bigbrosci:~/Downloads$ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

Welcome to Anaconda3 2020.07

In order to continue the installation process, please review the license

agreement.

Please, press ENTER to continue

>>>

Anaconda安装的软件可以通过https://anaconda.org 来查询，都会列出来安装的命令，比如RDkit：

1conda install -c rdkit rdkit

另一个需要注意的是，Anaconda安装后，最喜爱的p4vasp不能正常使用了。解决办法如下：

1) 找到p4v的目录，一般在/usr/bin/

2)将p4v中的python 全部改为python2

3) 将p4v.py 第一行中的python改为python2。

16(base) qli@bigbrosci:~$ p4v

File "/usr/bin/p4v.py", line 9

print """You need to get version 2.0 (or later) of PyGTK for this to work. You

can get source code from http://www.pygtk.org """

SyntaxError: invalid syntax

(base) qli@bigbrosci:~$ which p4v

/usr/bin/p4v

(base) qli@bigbrosci:~$ sudo vi /usr/bin/p4v

[sudo] password for qli:

(base) qli@bigbrosci:~$ sudo vi /usr/bin/p4v.py

(base) qli@bigbrosci:~$ grep python /usr/bin/p4v

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/lib/python2.7/dist-packages

exec python2 /usr/bin/p4v.py "$@"

(base) qli@bigbrosci:~$ grep python /usr/bin/p4v.py

#!/usr/bin/env python2

4 其他可执行的程序

这里我们以VESTA为例，这种方法非常简单实用。

4.1) 下载解压VESTA程序包。(https://jp-minerals.org/vesta/en/) 直接通过官网下载即可，没必要去群里面求助，也没必要往群里面上传。

4.2) 本人习惯性地将其解压到/home/qli/Documents/VESTA-gtk3

4.3) 设置环境变量，将下面的export 两行复制到~/.bashrc 文件中， source 下 .bashrc 文件，然后直接敲命令VESTA即可打开可视化界面。

14qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ ls

asfdc Library_License RIETAN.sh style VESTA-core

bvparm2016.cif libVESTA.so spgra.dat style.ini VESTA_def.ini

elements LICENSE spgro.dat template.ins VESTA-gui

elements.ini mspgr.dat STRUCTURE_TIDY tmp VESTA.ini

img PowderPlot STRUCTURE_TIDY.sh VESTA wyckoff.dat

qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ pwd

/home/qli/Documents/VESTA-gtk3

qli@bigbrosci:~/Documents/VESTA-gtk3$ cd

qli@bigbrosci:~$ vi .bashrc

export VESTA='/home/qli/Documents/VESTA-gtk3'

export PATH=$PATH:$VESTA

qli@bigbrosci:~$ source .bashrc

qli@bigbrosci:~$ VESTA

注意上面VESTA的路径记得换成你自己电脑里面的。

5 Ubuntu的备份

本人喜欢瞎折腾，也经常会把电脑搞崩溃，备份就显得尤其重要。对于Ubuntu来说，前面我们在虚拟机的安装中提到存储Ubuntu系统的vdi文件，如果你有足够大的硬盘，可以定期将一个稳定版本的vdi保存起来，万一系统崩溃，删掉坏的，导入最新的备份即可。

如果没有用虚拟机，直接装的Ubuntu系统，或者双系统，可以尝试定期保存~/bin 和~/.bashrc 文件，本人之前就是这样做的(现在懒得折腾，系统不坏了)，它们不怎么占空间，打包压缩下，邮件基本就可以上传。如果系统坏掉了，非得安装一个新的才能解决的时候，只需要重复本教程，下载一些常用的软件，以及用备份的~/bin 和~/.bashrc 文件还原一下设置即可。数据一般来说都直接存储在服务器中，相关备份不在本教程讨论范围之内。

当然还有其他的办法备份和恢复虚拟机，比如创建当前Ubuntu版本的iso文件，定期备份当前整个系统以便引导修复等等，精力有限，不再累赘。有兴趣的可以尝试。

6 打赏

如果感觉本文对你的相关研究有帮助，欢迎打赏，支持作者的热心付出。如果你也有自己擅长的操作等，热烈欢迎无私分享，可以通过QQ(122103465)或者邮件(lqcata@gmail.com)联系。