nci60数据集_#数据库#NCI通路互作数据库介绍

National Cancer Institute (NCI)pathway interaction database是一个经过校对的权威通路互作数据库。数据库中收录了322个来自BioCarta和Reactome的通路数据。

并对其进行校对，到2012年9月，已经完成了136个通路的校对过程。除了通路以外，数据库还收录了丰富的通路相关基因信息，便于我们查询基因和通路之间的相关性。

NCI主页地址http://pid.nci.nih.gov/search/#content

在NCI主页上，我们可以看到左侧工具栏，有根据分类浏览通路，根据字母排序浏览通路，高级检索，连接分子搜索，批量查询，下载数据等。中间为数据库统计信息。

到目前为止，数据库收录了来自BioCarta和Reactome的322个通路，其中136个已经完成校对，包括9248个互作关系。下方是搜索界面，我们可以通过分子ID，生物学过程ID进行查询。

例如我们根据通路分类进行浏览，这里NCI讲通路划分为两个大类，即调控通路和信号传导通路，每个大类下又可细分为不同的小类，因此我们可以非常直观的观察出通路之间的从属关系。

 

在检索过程中，通过help我们可以看到检索模式非常丰富，我们可以通过不同平台的基因命名原则进行查询。

如Entrez id, molecule id, uniprot accession numbers, symbol等等。右