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Biopython聚类分析

Biopython聚类分析详细操作教程

聚类分析会将一组对象归为同一组。这个概念主要用于数据挖掘，统计数据分析，机器学习，模式识别，图像分析，生物信息学等。可以通过各种算法来了解群集如何广泛用于不同的分析中。

根据生物信息学，聚类分析主要用于基因表达数据分析中，以寻找具有相似基因表达的基因组。在本章中，我们将检查Biopython中的重要算法，以了解在真实数据集上进行聚类的基础知识。Biopython使用Bio.Cluster模块来实现所有算法。它支持以下算法-

层次聚类

K-聚类

自组织映射

主成分分析

下面对以上算法进行简要介绍。

1. 层次聚类

层次聚类用于通过距离度量将每个节点链接到其最近的邻居，并创建一个聚类。Bio.Cluster节点具有三个属性：left, right 和 distance。下面创建一个简单的集群，如下所示：

# Filename : example.py

# Copyright : 2020 By Lidihuo

# Author by : www.lidihuo.com

# Date : 2020-08-25

>>> fromBio.Cluster importNode

>>> n = Node(1,10)

>>> n.left = 11

>>> n.right = 0

>>> n.distance = 1

>>> print(n)

(11, 0): 1

如果要构建基于树的集群，请使用以下命令 -

# Filename : example.py

# Copyright : 2020 By Lidihuo

# Author by : www.lidihuo.com

# Date : 2020-08-25

>>> n1 = [Node(1, 2, 0.2), Node(0, -1, 0.5)] >>> n1_tree = Tree(n1)

>>> print(n1_tree)

(1, 2): 0.2

(0, -1): 0.5

>>> print(n1_tree[0])

(1, 2): 0.2