linux python脚本调试,Linux下使用gdb调试python代码

使用的命令以及报错信息

CMD :

/nfs1/public2/User/bin/python2.7 rmats.py \

--b1 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/mPSK_vs_miR_b1.txt \

--b2 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miRmPSK_vs_miR_b2.txt \

--gtf 1.0.44.gtf --od Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/results \

-t paired --nthread 10 --readLength 101 --cstat 0.0001 --libType fr-firststrand

Info:

[1] 7426 segmentation fault (core dumped) rmats.py --b1 --b2 --gtf --od -t paired --nthread 10 --readLength 101 0.

segmentation fault

段错误，尝试使用ulimit -S -s 20000以及ulimit -S -s unlimit,仍然报错。

因此设置ulimit -c 1020 ，再运行一次，获得日志信息

gdb调试

#进入gdb调试界面

gdb /nfs1/public2/User/bin/python

#开始调试

(gdb) r /nfs1/public2/User/bin/python2.7 rmats.py \

--b1 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/mPSK_vs_miR_b1.txt \

--b2 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miRmPSK_vs_miR_b2.txt \

--gtf 1.0.44.gtf --od Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/results \

-t paired --nthread 10 --readLength 101 --cstat 0.0001 --libType fr-firststrand

#报错信息

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.

__Pyx_PyObject_GetAttrStr (obj=0x0, attr_name=0x7ffff70af270) at rmatspipeline/rmatspipeline.cpp:917

917 rmatspipeline/rmatspipeline.cpp: No such file or directory.

手头只有这个软件rmatspipeline.so文件，看样子是GetAttrStr对象运行报错。推测应该是文件格式不正确导致的。测试其他项目分析正常。

陷入僵局

后续需要再检查一下注释文件等信息，格式是否正确