ubuntu20.04 rMATS4.0.1安装及报错解决

安装rMATS4.0.1

• wget -c http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.0.1/rMATS.4.0.1.tgz

• tar -zxvf rMATS.4.0.1.tgz

• cd rMATS.4.0.1

• 具体使用及注意事项可参考：简书

• 我的运行命令

• (py2) chentianxin@vm:~/rMATS.4.0.1/rMATS-turbo-Linux-UCS4$ python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf Csiv4_gene_model.gtf --od /home/chentianxin/rMATS.4.0.1 -t paired --readLength 150 --cstat 0.05 --nthread 8

• 报错

• 

  原因为：缺失库libgfortran3

• 解决方法：

• sudo gedit /etc/apt/sources.list
  deb http://gb.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main universe #在文本最后加入，保存退出
  sudo apt-get update
  apt-get install g++-6
  sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-6 6
  apt install libgfortran3
  
  

  运行后继续报错

• 

   原因：缺失库libgsl.so.0，该库需要libgsl.so.19

• 解决方法：

wget http://ftp.club.cc.cmu.edu/pub/gnu/gsl/gsl-2.3.tar.gz
tar -zxvf gsl-2.3.tar.gz 
cd gsl-2.3
sudo ./configure
sudo make
sudo make install 
sudo find / -name "libgsl.so.19" #出现该库的位置
sudo cp /usr/local/lib/libgsl.so.19 /usr/lib/libgsl.so.0
sudo ldconfig

再次运行程序，无报错