rmats4.1.2最全安装攻略

rmats4.1.2版本是2021年最新更新的rmats版本，该工具可以通过rna-seq数据分析mRNA可变剪切的情况，是各大可变剪切工具中引用最多的一种！可以分析以下几种可变剪切方式

下面是原作者介绍的所需安装依赖，但是并没有具体写出安装的代码，鸭鸭呕心沥血的整理了自己的安装代码，和大家分享。

鸭鸭是在win11系统上安装了wsl，装的是ubuntu20.04，丝滑的安装了最新版的anaconda，然后安装以下各种包，最后成功跑出数据结果，以下是鸭鸭的安装经验分享！

1. 创建conda 环境

conda create -n rmats python=3.6.12

2. 下载rmats4.1.2并解压，下载地址是https://github.com/Xinglab/rmats-turbo

3. 安装cython，鸭鸭装了这么多内容解决n个bug的，但也可能只装python版本的cython就可以了呢

pip install cython
sudo apt-get install cython
sudo apt-get install build-essential

4. 安装blas和lappack

sudo apt-get install libblas-dev
sudo apt-get install liblapack-dev

5. 安装gsl，注意如果没有update过一定要先update才能安装成功喔

sudo apt-get update
sudo apt-get install libgsl0-dev

6. 安装gfortran,fort77也一定要装，不然会gg的

sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install fort77

7. 安装cmake

sudo apt-get install cmake

好啦，装了这么多，基本必须要装的包就都装好啦，鸭鸭没有单独装gcc，在装以上包的时候就自动装好了呢

虽然optional的内容没有装，但是只要不是pairstats的数据，到这一步只要build一下就可以得到完整的rmats结果了！虽然有报错，但是不用在意。进入解压好的rmats turbo文件夹，运行build就可以配置好环境啦

./build_rmats

如果是完美主义者会有使用pair stats model的需要，那optional的包也需要解决一下

8. 安装PAIRADISE,这个是github上的r包，所以没有安装github的话要安装github，没有安装r的话要安装r，还需要安装需要用到的三个R library。相信大家安装r包熟能生巧，就不多做介绍啦。

sudo apt-get install git
sudo apt-get install r-base-core

9. 安装samtools,这个是从fastq到bam比对时需要用到的包，如果是从bam文件开始运行rmats的话，是不需要安装的。如果需要安装，可以新建一个环境，然后使用conda就可以轻易安装好了呢。如果不换一个环境，可能会有conflicts产生。

conda install -c samtools openssl=1.0

10. 安装star，这个也是从fastq到bam比对时需要用到的包，如果是从bam文件开始运行rmats的话，也是不需要安装的。如果需要安装，可以安装在samtools时新建的环境，然后使用conda就可以轻易安装好了呢

conda install -c bioconda star

希望以上的安装攻略对正在看博客的你有所帮助~如果还是安装失败，可以回帖提问或者私聊鸭鸭，鸭鸭每天都会查看帖子，是鸭鸭踩过的坑的话，鸭鸭一定会热心解答的~

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