顺式作用元件包括_植物启动子顺式作用元件批量提取预测可视化分析

!!!!，注意上图是**顺式作用元件在启动子上的批量可视化，当然最后坐标要自己调，直接全部-2000bp，5' 和 3‘ 替换 **

写在前面

以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的工作无法正常开展。正好有旧友也问起，那么我就写写。其实，有了TBtools，这些分析，所有人都可以极其快速的完成

顺势作用元件分析的顾虑

之所以说这个分析玄乎，在于他真的玄乎。顺势作用元件，基于其定义，并不一定就是启动子区域，也可以在内含子里面，还可以在邻近的基因里面。所以他跟启动子似乎并没有直接关系。只是，启动子从定义上来谈，就是RNA聚合酶(如pol II)被招募并结合的区域附近。这一区域应是有较多的转录因子(反式作用因子)和转录调节子，所以自然是存在较多的顺势作用元件。
说到这里，那么启动子区域的边界如何确定，又是玄乎的事情。几乎所有物种里面的UTR注释都是不全的，即使是拟南芥或者水稻，更或者人类。原因有很多。再从另一个方面来说。即使是同一个基因(locus)，不同的转录本会有