python方差分析报错_SMILES （用ASCII字符串明确描述分子结构的规范）

典范SMILES

编辑

典范SMILES保证每个化学分子只有一个SMILES表达式。典范SMILES常用于分子数据库的索引。

记法：

1．原子用在方括号内的化学元素符号表示。

例如[Au]表示“金”，氢氧根离子是[OH-]。

有机物中的C、N、O、P、S、Br、Cl、I等原子可以省略方括号，其他元素必须包括在方括号之内。

2．氢原子常被省略。

对于省略了方括号的原子，用氢原子补足价数。

例如，水的SMILES就是O，乙醇是CCO。

3．双键用“=”表示；三键用“#”表示。

含有双键的二氧化碳则表示为O=C=O，含有三键的氰化氢表示为C#N。

4．如果结构中有环，则要打开。断开处的两个原子用同一个数字标记，表示原子间有键相连。

环己烷(C6H12)表示为C1CCCCC1。需要注意，标志应该是数字(在此例中为1)而不是“C1”这个组合。扩展的表示是(C1)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C)-1而不是(C1)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C)-(C1)。

5．芳环中的C、O、S、N原子分别用小写字母c,o,s,n表示。

6．碳链上的分支用圆括号表示。

比如丙酸表示为CCC(=O)O，FC(F)F或者C(F)(F)F表示三氟甲烷。

异构SMILES

编辑

异构SMILES是指扩展的，可以表示同位素、手性和双键结构的SMILES版本。它的一个显著特征是可以精确地说明局部手性。

双键两侧的结构分别用符号/和\表示，例如，F/