服务器hp58系列,HPV58型E6蛋白B细胞表位预测与分析

摘要：

目的:预测分析高危型人乳头瘤病毒(HPV)58型E6蛋白的B细胞线性表位及其结构。方法:从瑞士生物信息研究所提供的Swissprot蛋白质数据库中检索到E6蛋白序列,采用计算机辅助生物信息学软件进行分析,用Expasy服务器在线软件分析预测E6蛋白的理化性质、二级结构及三维空间结构,采用DNASTAR软件包中的protean软件进一步分析亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性与极性等特性,再结合氨基酸抗原指数(AI)计算法算出平均AI,根据AI大小预测HPV58型E6蛋白的B细胞线性表位的可能肽段,并进行同源性匹配分析。结果:HPV58型E6蛋白的B细胞线性表位可能位于以下肽段位置:N端8~15(KPRTLHDL)、27~44(ELKCVECKKTLQRSEVYD)、108~127(RPLCPQEKKRHVDLNKRFHN)、141~147(RPRRRQT)肽段及其周围。同源性分析得出肽段27~44、141~147为可能的B细胞线性表位,为HPV58型E6蛋白B细胞表位的独特序列,肽段8~15与HPV33型E6蛋白同源性匹配为100%,108~127与HPV33型E6、HPV9型E6蛋白同源性匹配为100%。结论:27~44、141~147肽段为可能的HPV58型E6蛋白的B细胞优势表位。

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