python批量读取tiff文件_Python图像分析：从共焦显微镜读取多维TIFF文件-CSDN博客

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这篇博客探讨了如何使用Python处理4D或5D超栈图像，特别是从共焦显微镜读取的TIFF文件。文章指出，'hyperstack to stack'函数会将所有维度堆叠成一系列图像，而'stack to hyperstack'则允许定义堆栈中的切片对应哪个维度。当处理一个30切片、3通道的4D超栈时，'hyperstack to stack'会生成90张切片。对于一个可能是5D超栈的特定TIFF文件，作者建议使用skimage和pyqtgraph库来检查和理解其维度结构。

摘要由CSDN通过智能技术生成

我不确定'hyperstack to stack'函数是否是您想要的。超stack是简单的多维图像，可以是4D或5D(宽度、高度、切片、通道(例如，3个用于RGB)和时间帧)。在ImageJ中，每个维度都有一个滑块。在

堆栈只是以某种方式相关的堆叠二维图像，而您只有一个滑块，在最简单的情况下，它表示三维数据集中的z切片。在

'hyperstack to stack'函数将在hyperstack中堆叠所有维度。因此，如果你有一个3个通道，4个切片和5个时间帧(3个滑块)的hyperstack，你将得到一堆3x4x5 = 60图像(一个滑块)。基本上和你上面提到的在每个通道上滑动通过焦平面是一样的。您可以使用'stack to hyperstack'进行另一种方法，通过定义堆栈中的哪些切片表示哪个维度来生成一个超堆栈。在我上面提到的示例文件中，只需选择orderxyzct，3个通道和7个时间点。在

因此，如果你的tiff文件有2个滑块，它似乎是一个高，宽，30切片和3个通道的4D超stack。'hyperstack to stack'将所有维度堆叠在一起，因此您将得到3x30=90 slices。在

然而，根据skimage tiff阅读器，你的tiff文件似乎是某种5D超stack。宽度、高度(1024x1024)、30个z切片、3个通道(RGB)和另一个包含3个条目的维度(例如时间帧)。在

为了找出问题所在，我建议将维度与skimage中得到的数组的3个条目进行比较。找出其中一个代表RGB通道，另一个代表什么。例如，可以使用pyqtgraph的image函数：import pyqtgraph as pg