PBL
名字太简单就记不住
学艺不精,写博客更多的是为了方便自己看,设置粉丝可见并非钓鱼,Thanks♪(・ω・)ノ
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生成heatmap失败过程
生成heatmap失败过程之前都是用的pytorch框架,但是看了参照代码,想再用keras框架来输出预测值结果pytorch和keras保存网络及参数的文件不同,前者为.pkl,后者为.h5报错提示‘ fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)’压根就不能用啊喂…嘤嘤嘤...原创 2019-08-03 19:03:29 · 411 阅读 · 0 评论 -
三、生成heatmap(二)基于patch画热力图
太长不看版1、将PIL.Image转换成批训练的DataLoader为什么一批一批进去处理2、载入网络( torch.load('Resnet.pkl') ),并将数据放入网络,通过 outputs = model(images) 得到预测值,放在对应的对象中3、按对象的数字顺序排序,生成热力图保存耐心看完版事先准备:test_path = r'C:\Use...原创 2019-08-15 18:21:40 · 1508 阅读 · 3 评论 -
三、生成heatmap(一)裁背景和组织patch
提出来的新思路:将按顺序裁剪的patch喂入已训练好的网络,所生成的概率重新赋给数组中的对应区域,生成热力图。某张tif及所画病灶if __name__ == '__main__': wsi = WSI() # 创建一个wsi对象 # 含read_wsi_tumor()、find_roi_n_extract_patches_...原创 2019-08-27 17:33:49 · 1154 阅读 · 1 评论 -
一、预处理(一)生成掩膜
import multiresolutionimageinterface as mirimport os.path as ospimport matplotlib.pyplot as pltfrom pathlib import Pathimport globimport osos.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "0"slide_path ...原创 2019-08-29 15:11:05 · 3413 阅读 · 9 评论