单细胞
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小洁忘了怎么分身
生信技能树讲师,生信星球创办人之一
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单细胞三大R包之Seurat
与前面的3版本Seurat有一点点区别,重启大脑ing。。。1.数据、代码和R包准备代码:[https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html](https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html)数据:https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_ma转载 2021-03-22 10:24:07 · 8810 阅读 · 5 评论 -
单细胞三大R包之scater
1.准备R包和数据library(BiocStyle)set.seed(10918)library(scRNAseq)example_sce <- ZeiselBrainData()example_sce## class: SingleCellExperiment ## dim: 20006 3005 ## metadata(0):## assays(1): counts## rownames(20006): Tspan12 Tshz1 ... mt-Rnr1 mt-Nd4l#原创 2021-03-22 00:33:53 · 2036 阅读 · 1 评论 -
单细胞三大R包之monocle
0.准备R包和数据library(monocle)library(scRNAseq)library(dplyr)使用scRNAseq里面的示例数据fluidigm。fluidigm = ReprocessedFluidigmData()# Set assay to RSEM estimated countsassay(fluidigm) <- assays(fluidigm)$rsem_countsct <- floor(assays(fluidigm)$rsem_coun原创 2021-03-22 00:31:39 · 6905 阅读 · 0 评论