weixin_42966093的博客

原创 Ubuntu系统安装cuda、cudnn、tensorflow-gpu

⚠️⚠️⚠️一定要好好对应！我有一次安装就因为没好好对应（cuda装11.0，cudnn装了8.5然后报找不到xx依赖库的错）导致安装不上tensorflow-gpu。终端输入：nvidia-smi -------> 输出的CUDA toolkit是12.2。⚠️注意：并不代表接下来安装的cuda编译器只能是12.2，这是能安装的cuda编译器版本的上限。（​​​​​​​需要注意的是：cuda-11.0需要按你自己的版本文件名进行修改）cudnn的安装一定一定要跟cuda是相符合的。

原创 一些评价指标记录（AUROC、AUPR）

在这个阈值的选择上，往往会影响到模型的精确率（Precision）和召回率（Recall）。精确率（Precision）是指在所有被预测为正类的样本中，实际为正类的比例，它关注的是预测为正类的准确性。召回率（Recall）是指在所有实际为正类的样本中，被正确预测为正类的比例，它关注的是对正类样本的覆盖程度。AUPR值越高，表示模型在精确率和召回率之间取得了更好的平衡，尤其是在正样本较少的情况下，AUPR是一个比AUROC（Area Under the ROC Curve）更敏感的性能指标。

原创 生信概念记录（PK、PD、perpetrator、victim）

Drug-Drug Interaction（DDI）是基于pharmacokinetics (PK) and pharmacodynamics (PD)的，那么PK、PD分别是什么？药物在身体上的生化、生理及分子影响研究，包括受体结合、受体后效应以及化学相互作用。对于成功预测 DDI 而言，明确建模 PK 和 PD 相关数据非常重要。即身体对药物的反应，包括吸收、分布、代谢和排泄.翻译成中文是：药代动力学。翻译成中文是：药效学。

原创 生信数据集解读记录DrugBank,ATC分类系统

在药物相互作用（Drug-Drug Interaction，简称DDI）的研究中，如果两种药物具有不同的ATC编码，那么这种药物相互作用会被归类到两个不同的DDI亚组中

原创 生信论文解读——Chemical structure-aware molecular image representation learning

本文利用了自监督对比学习方法将化学知识从图转换成图像，提出一种新的对比图-图像预训练框架的分子表征学习方法。从大规模的无标签分子中的图上学习显式信息以及以及图像上学习隐式特征。并将其应用到molecular property prediction, cross-modal retrieval and distribution similarity（分子性质预测、跨模态检索以及分布相似性）

原创 生信论文解读-Accurate prediction of molecular properties and drug targets using a self-supervised image...

该文章利用分子图像来对药物分子特征进行提取并应用于其下游任务，主要的网络架构采用的是Resnet18，然后利用不同的全连接层层数来完成不同的任务。实验结果非常丰富，从多个方面进行分析

原创 集群服务器如何安装tensorflow-gpu

pip install tensorflow-gpu==2.x(我这里安装2.6，安装其他版本与自己的cuda版本对应即可)1. 未安装cuda需要先安装cuda--命令行：sudo apt install nvidia-cuda-toolkit。ps: 不清楚是否安装可输入nvcc -V来检查，如出现以下图识即表明cuda已安装成功/conda create -n xxx(命名) python=3.x(你想要的版本)（以上版本是需要跟你安装的tensorflow版本对应的）2. 创建一个新环境。

原创 AI药物-靶点预测-iGRLDTI论文

1. V一共有549种drugs以及424个targets --- 药物以及靶点的相互作用是来自数据集DrugBankV3.0 database以及HPRD2009 databases。2. Cd--是从DrugBank来的SMILES序列，通过RDKit tool处理得到cd--is considered as the feature vector of each drug。E由所有的|E|DTIs组成。DTI的全称是：drug-target interactions. 药物靶点相互作用。

原创 vscode远程ssh服务器调试代码出现错误“No module named..“解决方案

一原因分析---远程服务器上的代码调试要用远程环境，而我没有装远程环境，导致报错。显示按名称搜索名字，输入：>python: Select Interpreter。此解决方案适用于已经安装好对应的包但是依然报错的情况。2. 选择你的python解释器环境。二简单步骤笔记---

原创 使用GPU时报错：Could not load dynamic library libcudnn.so.7

使用GPU时报错：Could not load dynamic library libcudnn.so.7

原创 conda克隆环境-method: requirement.txt

conda 通过requirements.txt 将一台电脑的环境克隆到另一台电脑. 、 解决@file+URL问题

原创 医学图像处理——OTNet论文阅读笔记

OTNet: ACNN Method Based onHierarchical Attention Maps forGrading Arteriosclerosis ofFundus Images withSmall Samples论文笔记

原创 关于感知机（动手学深度学习10）

首先放上学习链接——10 多层感知机 + 代码实现 - 动手学深度学习v2_哔哩哔哩_bilibili该章笔记：一、最初的感知机最初的感知机由基本线性回归模型组成但是它只能作二分类，即输出0/1；或者说1/-1与回归比较——回归输出实数与softmax比较——输出概率感知机是如何训练的？关于感知机的收敛定理（图源视频）感知机的缺陷： 不能拟合XOR问题、只能产生线性分割面二、多层感知机相比最初的感...

原创 西瓜书之模型评估与选择（笔记一）

一些概念 P类问题——所有复杂度为多项式时间的问题集合 NP类问题——可以在多项式时间内验证一个解是否正确的问题评估方法数据要分为训练集和测试集（注意在划分训练集和测试集的时候，要保持数据分布的一致性），有三种方法：1.留出法2.交叉验证法3.自助法...

原创 vscode+python+tensorflow

vscode+python+tensorflow第一步 下载vscode 、python.exe第二步 打开vscode 搜@installed —>安装python第三步 安装tensorflowcmd（管理员身份打开）->cd python的pip路径-> pip install tensorflow.

原创 打开pip 安装numpy