POJ3691 DNA repair （AC自动机+DP）

类似于之前发的indeed tokyo设计密码那个题。
只不过这个的模式串有多个，所以需要AC自动机。
dp的过程都类似。
这里要求的是改变的最小代价，其实和设计一样从0开始考虑，只不过当要加入的字母和母串不一样的时候代价➕1
这里定义$f[i][j]$ 为到母串第i个位置位置，处在安全节点j的最小改变数
则
$$f[i+1][p]=mi{n}_{0<k<4}(f[i][j]+t)p\in tr[j][k]$$

$$t=get(str[i+1])!=k$$
$get(charc)$是字符对应的编号

#include <iostream>
#include <cstring>
using namespace std;
const int N = 1010;
const char *DNA = "ATCG";

inline int get(char c) {
    if (c == 'A') return 0;
    else if (c == 'T') return 1;
    else if (c == 'C') return 2;
    else return 3;
}
char str[N];
int tr[1010][4], nxt[1010], idx;
bool flg[1010];
void insert() {
    int p = 0;
    for (int i = 0; str[i]; i++) {
        int q = get(str[i]);
        if (!tr[p][q]) tr[p][q] = ++idx;
        p = tr[p][q];
    }
    flg[p] = true;
}

int que[1010], hh, tt;

void build() {
    hh = tt = 0;
    for (int i = 0; i < 4; i++) 
        if (tr[0][i]) que[tt++] = tr[0][i];
    
    while(hh < tt) {
        int t = que[hh++];
        for (int i = 0; i < 4; i++) {
            int p = tr[t][i];
            if (!p) tr[t][i] = tr[nxt[t]][i];
            else {
                nxt[p] = tr[nxt[t]][i];
                que[tt++] = p;
                flg[p] |= flg[nxt[p]];
            }
        }
    }
}

int f[1010][1010];
void solve(int cnt) {
    build();
    f[0][0] = 0;
    int m = strlen(str+1);
    for (int i = 0; i < m; i++) {
        for (int j = 0; j <= idx; j++) {
            for (int k = 0; k < 4; k++) {
                int p = tr[j][k];
                int t = get(str[i+1]) != k;
                if (!flg[p]) f[i+1][p] = min(f[i][j] + t, f[i+1][p]);
            }
        }
    }
    int res = 0x3f3f3f3f;
    for (int i = 0; i <= idx; i++) res = min(res, f[m][i]);
    if (res >= 0x3f3f3f3f) res = -1;
    
    cout << "Case " << cnt << ": " << res << endl;
}

int n;
int main() {
    ios::sync_with_stdio(0);
    int cnt = 1;
    while(1) {
        cin >> n;
        if (n == 0) break;
        memset(tr, 0, sizeof tr);
        memset(nxt, 0, sizeof nxt);
        memset(flg, 0, sizeof flg);
        memset(f, 0x3f, sizeof f);
        idx = 0;
        
        for (int i = 0; i < n; i++) {
            cin >> str;
            insert();
        }
        cin >> (str+1);
        solve(cnt);
        cnt++;
    }
    return 0;
}