微生物生态学分析

18个样本，抽平到8500条序列，4344个OTUs，计算beta-NTI共花费时间如下:> GPU（GTX1050）：1分20秒> iCAMP包 的`bNTIn.p()` 函数4核并行：约16分钟如果更好的显卡，更大的数据量，节约的时间应该更加可观。

群落格局及其背后的构建机制是群落生态学研究的重点内容，Stegen et al. 在2011年使用了beta-NTI这一指标来推断群落构建，此后得到了微生物生态学家的广泛使用。使用beta-NTI推断群落构建有一个前提条，就是该基因必须在较小的遗传距离上具有遗传发育信号(Q1:为什么这是必须的呢？)，即在较小的遗传距离下，遗传发育距离越大，其生态位距离越大(Q2:为什么是较小的遗传距离下有遗传距离发育信号即可，不需要整个的遗传距离呢？)。本文将介绍三种方法检测近距离下的遗传发育信号，并用R语言实现。

一般微生物测序实验会包含三个生物学重复，然后获得有重复的OTU table和环境因子的数据。许多文献在对OTUs进行冗余分析时都包含了重复，包含重复与不包含重复会有何种不同？是否会影响我们对分析结果的解读呢？下面我们以基于距离的冗余分析（db-RDA）作为例子，尝试分析一下，看看两者的区别。

许多SCI文章都使用了一种叫NCM的方法来对微生物群落构建（中性理论 or 生态位理论？）进行预测，本文将对NCM的实现原理及其R实现做介绍。在介绍其原理的过程中会有一些数学公式，不要对这些数学公式产生抵触情绪，我会解释其每一项的生态学含义。与原理相比，其R实现则相对简单，阅读完后可将原理与R实现进行对比学习。

;群落构建分析是微生物生态学分析的重要组成部分，成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI（beta nearest taxon index）来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导，其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI|

群落构建分析是微生物生态学分析的重要组成部分，成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI（beta nearest taxon index）来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导，其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI|

R语言并行构建零模型，加快beta-NTI值的计算。