微生物类群的划分
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介绍微生物类群划分的依据,包括生态位、丰富度和生活史策略,并用R语言或python进行实现。
道阻且长1994
溯洄从之,道阻且长。溯游从之,宛在水中央。
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微生物群落关键种识别:一种不依赖于网络的自上而下的方法
微生物群落在促进养分循环、协助植物生长、维持人体健康等方面发挥着重要的作用。群落关键种对维持微生物群落稳定性具有重要影响,识别关键种一直是微生物生态学中的热点话题。原创 2024-04-03 15:40:10 · 1115 阅读 · 0 评论 -
基于模型的约束排序,并探究OTUs对pH的响应特征——单峰or线性?
排序是微生物生态学中分析微生物格局常用方法,包括非约束排序和约束排序。非约束排序可以很直观地观察各样点或处理间微生物群落结构的变化情况,常用的有基于各种生态距离(beta多样性,最常用的Bray-Curtis距离、Jaccard距离等)的NMDS、PCoA和t-SNE降维,基于卡方距离的对应分析(CA,correspondence analysis )和基于欧氏距离的PCA分析。约束排序可以探索环境因子对微生物群落结构的影响常用的有:RDA、CCA或基于距离的RDA(db-RDA)。这些方法都会通过一些原创 2022-04-20 15:17:17 · 1507 阅读 · 0 评论 -
根据代表性序列预测OTU/ASV生活史策略——寡营养型or富营养型
丰富的资源会促进细菌的生长,特别是富营养型细菌的生长。快速的生长需要大量的核糖体,富营养性细菌会持有更多的核糖体RNA操纵子(number of ribosomal RNA operons, rrn)。因此我们可以根据核糖体RNA操纵子的数目来对寡营养型和富营养型细菌进行区分,而且核糖体RNA操纵子的数目在16srRNA序列上保守,因此我们可以通过分类信息对核糖体RNA操纵子数进行预测。原创 2022-02-13 15:59:17 · 3725 阅读 · 0 评论