Chimera对齐两个pdb坐标

最新推荐文章于 2025-06-04 19:20:27 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： linux
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首先加载两个pdb文件如下

之后匹配原子位置

 我需要4xuf上的一个配体分子，所以选择匹配的是4xuf，选择参考结构是原始added model 5

 

 保存4xuf的匹配结果，然后从pdb文件里截取需要的一部分即可

 

分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_模拟结果分析与可视化
kkchenjj的博客
10-24 1457
对于更复杂的分析任务，可以编写自定义的分析脚本。以下是一个使用 Python 和MDAnalysis# 导入MDAnalysis库# 加载拓扑和轨迹文件# 选择Cα原子# 计算RMSDrmsd = []# 绘制RMSD时间序列图plt.show()代码解释：导入MDAnalysis库。：加载拓扑文件和轨迹文件。：选择Cα原子。：遍历轨迹文件的每个时间步。：计算Cα原子相对于初始构象的RMSD。：绘制RMSD时间序列图。：设置图形的轴标签和标题。plt.show()：显示图形。结构稳定性。
实验电镜距离测量之Matlab处理
Rockyoung
06-29 679
在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？
UCSF Chimera分子对接（autodock vina插件）结果可视化流程|5.18更新完毕
Squirrelity的博客
05-18 8373
一.程序下载 官网 http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ https://vina.scripps.edu/ 分别下载好 UCSF Chimera和autodock vina 二.引入蛋白 安装好后打开Chimera1.16 open打开本地文件（从PDB下载的pdb格式文件） fetch ID by 在线下载所需蛋白，这里下载的是1MOH 操作： ctrl 选中 左键旋转 中滚轮放大缩小 3.Presets Interactive 1 带 Inter
利用pymol批量对PDB文件三维结构比对并输出RMSD值
qq_23341021的博客
07-27 3736
经验上、文献上大量的蛋白质或者核酸比对工作是从一级序列开始的，这是基于一级序列决定二级结构，二级结构决定三级结构，而且一级序列有30%的相似性，那么两者的结构就具有较高的相似性这样的共识理论而来，这些理论也是基于现有的实验数据得来的，然而也存在很多例外的情况，如相似度高的蛋白序列，三级结构差异较大，或者相似度低的蛋白序列却具有较高的三级结构，又或者一些理论认为柔性蛋白可能具有更好的蛋白热稳定性，刚性太强反而在更剧烈的环境中更容易崩溃。
chimera添加氨基序列
weixin_43395957的博客
08-12 2039
之后界面需要修改如下下面几处，将1处的target改成你想要生成的序列（比如我的是S），2处修改成同源建模的比对序列(原始蛋白1rjb)，3处需要填写你申请的license key，注意这里需要的是Modeller的license,可以在。保存界面：1.选择想保存的路径，2.选择保存文件的命名，3.选择保存模型，4.选择保存方式(如图为选择分别保存而不是整合成一个)，5.选择保存方式（这里我需要用AMBER）所以选择了AMBER，之后选择。姓名机构什么的瞎填就行，但是邮箱一定要填对，之后会发给你序列号。..
ChimeraX使用教程-安装及基本操作
weixin_47139678的博客
12-20 6740
1、访问https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html进行下载，然后安装安装完成后，显示界面2、基本操作。
蛋白质结构补全
weixin_46102564的博客
02-21 1746
利用分子力学等方法研究蛋白质的结构和功能首先需要一个解析度较高的蛋白质三维晶体结构，研究人员往往从PDB库中搜索下载，但是由于蛋白质本身性质的原因，下载的目标文件往往缺少一些氨基酸结构，为了更好的探究蛋白质的性质，就需要利用一些工具手动补全蛋白质的结构，这里提供使用ChimeraX和Modeller进行补全的方法。
分子对接活性位点坐标如何选取
08-24
选择活性位点坐标的关键在于理解目标蛋白质的功能区域或结合口袋，这通常涉及以下几个步骤： 1. **结构信息**：首先，需要获取目标蛋白的三维结构，这可以是从PDB数据库下载已知的晶体结构，或者通过X射线结晶学、...
【系统建立】使用PDB文件：从蛋白质数据库导入结构
!...# 1. PDB文件概述与重要性 蛋白质数据银行（Protein Data Bank, PDB）...这些文件对于生物化学、药理学、遗传学等多个研究领域至关重要，因为它们提供了蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的三维结构细节。理解PDB文件
RMSD < 2Å怎么看出来
02-25
要判断两个蛋白质结构的催化三联体的 **RMSD（均方根偏差）是否小于 2Å**，需要通过 **结构比对工具**（如 PyMOL、Chimera、VMD 等）对两个酶的三维结构进行叠加和计算。以下是具体方法和步骤： --- ### **1. ...
双链蛋白质分子动力学模拟rmsd图空缺
最新发布
06-05
- **检查构象稳定性**：用 VMD/Chimera 可视化空缺时段的构象，观察是否发生链分离（下图示意）： ![双链蛋白质分裂示意图](https://via.placeholder.com/400x200?text=链分离导致RMSD空缺) - **调整模拟参数**...
学习过程中遇到的坑
Bruce410526的博客
11-24 896
2. 将两个 pdb 格式文件合并保存成一个 pdb 格式，如果使用 pymol 完成这一目的，保存的文件会有一定问题。比如，把蛋白文件和优化后的配体文件使用 pymol 合并保存成一个 PDB 格式文件，如果使用 PLIP(注：PDB 格式文件是 PDB_ID 为 5ANR 的配体 8RW，sdf 格式文件是该文件通过 openbabel 转换格式得到的，我使用的 RDKit 版本是 2019.03.4。转换格式，也可以试试 openbabel ，但是有的时候也会出错，识别不准芳香键，其他的倒还好。
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Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。下面说说如何来操作你新建的对象。其中representation可以为：cartoon, ribbon,dots, spheres, surface和mesh。
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ziliwangmoe的博客
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Antonio915的博客
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每个程序都会收到一张环境表，环境表是一个字符指针数组，每个指针指向一个以’\0’结尾的环境字符串。
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