转录组GO富集与微生物相关性分析

本文介绍了如何进行转录组GO富集分析和与微生物组的相关性研究。通过使用TCC包进行多组差异基因分析,接着应用topGO进行GO富集,然后计算并绘制转录组与微生物组的热图,最后详细说明了如何提取相关性矩阵并保持与热图顺序一致。
摘要由CSDN通过智能技术生成

原始数据格式

我相信做生物分析的都知道很多时候难点往往不在于代码怎么写,而在于数据格式很多时候与各种包的要求不相符合,因此我先列一下本次分析中用到的数据格式

表1:转录组数据使用原始矩阵

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A_1 A_2 A_3 B_1 B_2 B_3 C_1 C_2 C_3 D_1 ……
Gene0000001 …… …… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
Gene0000002 …… …… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
Gene0000003 …… …… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
Gene0000004 …… …… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
…… …… …… …… …… …… …… …… …… …… …… ……
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