转录组GO富集与微生物相关性分析
原始数据格式
我相信做生物分析的都知道很多时候难点往往不在于代码怎么写,而在于数据格式很多时候与各种包的要求不相符合,因此我先列一下本次分析中用到的数据格式
表1:转录组数据使用原始矩阵
A_1 | A_2 | A_3 | B_1 | B_2 | B_3 | C_1 | C_2 | C_3 | D_1 | …… | |
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Gene0000001 | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… |
Gene0000002 | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… |
Gene0000003 | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… |
Gene0000004 | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… |
…… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | <