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RSS订阅原创 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
我这里主要介绍gene2ensembl，gene2accession， gene2pubmed，gene2go，gene_info信息文件，它们的核心连接是gene的entrez ID号，了解了以下文件之后，可以把gene的entrez ID随意转换为ensembl的ID号，也可以随意转为基因名字，或者基因的通路信息。总共只有三列，分别是物种ID号，gene的entrez ID号，和对应的pubmed ID号。主要看第三列的GO_ID与第四列的gene_name对应着。第四列：RNA的NCBI索取号。
2024-07-02 19:29:29
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原创 阅读文献并下载原始测序数据
解析SRA地址可知从SRR133571.sra到SRR133639.sra，共69个文件。解压后共216G的数据，都是fastq格式的单端50bp的数据。，阅读文献可知其包含4种细胞的6种处理方式的转录组数据。也是批处理进行解压，代码如下。将SRR整理到文件id中。可以看到它的下载索引是。下载之后共14G的数据。
2024-07-02 19:16:47
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转载 Linux如何让进程在后台运行
解决办法：参考文章：https://blog.csdn.net/jiesunliu3215/article/details/128846628【linux系统如何用Screen命令让程序在后台运行】_linux给screen内程序执行命令-CSDN博客 在要处理的命令前加上 nohup ，在结尾加上 “&” 来将命令同时放入后台运行，标准输出和标准错误缺省会被重定向到 nohup.out 文件中。也可用 “>filename 2>&1” 来更改缺省的重定向文件名。安装命令 2. setsid
2024-03-27 10:51:11
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空空如也
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