JamH-CSDN博客

原创 python测量昆虫翅面积

1 背景介绍我们的实验对象是一种小型昆虫，不同的处理可能引起其翅面积的改变，因此我们需要测量不同处理下该昆虫的翅面积。之前用的方法是在PS软件下，数每个翅的像素点，然后与标准物相比较，算的昆虫翅面积，但这一过程耗时太长。这里介绍一种快速测量昆虫翅面积的方法，原理也是数像素点，但这一过程由python完成，能节省大量时间。2 图片准备由于昆虫翅太小，我们将同一个处理下的昆虫翅摆于显微镜下拍摄，请确保镜头与翅面保持垂直，以减少误差。在PS软件下将所有翅选中，并填充为黑色，背景也可填充为白

2020-08-15 14:06:52 498 1

原创 python爬虫——打造个人专属pubmed文献搜索工具

一、效果与功能介绍搜索效果图1）搜索功能区在输入框中输入关键词，按“enter'键或点击”确定“即可实现默认搜索，你也可以点击”最近1年“搜索近1年的文章，搜索结果显示在”结果显示区“，你可以通过”上一页“或”下一页“将搜索结果翻页，点击”帮助“，会显示一些搜索的小技巧，比如关键词与字段的搭配等。2）摘要显示区每次搜索完成后，会自动显示当页第一篇文章的摘要信息，你可以通过”下一篇“或”上一篇“实现翻篇操作，当你对该篇文章感兴趣或想引用的时候，点击”打开原文“，会帮你自动打开浏览器

2020-07-04 15:41:59 10746 20

原创动物miRNA靶基因本地预测（三）—— 靶基因预测与结果分析

上一篇《动物miRNA靶基因预测方法（一）—— 软件安装》介绍了4种靶基因预测软件的下载与安装，本篇则介绍每个软件的使用说明。事实上，软件的使用是很简单的，只要准备好miRNA和mRNA的序列数据，运行一两条命令就可获得预测结果，难就难在数据的准备，往往你的数据并符合软件运行的格式，所以这里会更多的介绍如何获得各软件的数据格式。1、miRanda的使用阅读说明文档README这里提取一...

2020-05-14 20:33:18 9326 1

原创动物miRNA靶基因本地预测（二）——数据准备

上一篇介绍了4种靶基因预测软件的安装，那么在正式使用前，需要进行数据的准备，以满足软件使用的格式要求，本文将详细介绍本人在数据准备过程中遇到的麻烦，并分享解决方法，尤其是fasta格式转换为targetscan格式的解决方法。1、miRNA序列fasta文件准备...

2020-05-04 20:28:39 2676 5

原创动物miRNA靶基因本地预测（一）—— 软件安装

miRNA的研究大多离不开靶基因的预测，这能帮助我们快速的获得潜在的靶基因，缩小试验验证的基因范围。本文将介绍4种动物miRNA的本地化预测软件的安装方法。

2020-04-25 16:05:05 4694 10

原创 miRNA seq差异表达分析练习（三）——差异结果可视化

上一篇已经完成了差异分析的整个过程，先看一下结果本来是有2578条miRNA数据的，但这里显示1915条，可能是因为其余的miRNA所有样本count数均为0，被剔除了。结果表明，1915个miRNA中，有234个上调表达的miRNA，80个下调表达的miRNA（adjusted p-value < 0.05）此外，还有923个低表达的miRNA。接下来，看一下图像效果...

2020-04-10 14:59:44 8117 2

原创 miRNA seq差异表达分析练习（二）——DESeq差异表达分析

数据准备接上一篇《miRNA seq差异表达分析练习（一）——GEO样本数据下载》，下载的数据保存在文件夹miRNA_seq中有60个txt.gz文件从后缀名可以看出，这些都是压缩文件，直接打开是乱码的，解压后打开就可以看到具体内容了事实上，用R语言是可以直接读取txt.gz文件而不需要解压的。接下来，我将用R语言批量读取该文件夹下所有的txt.gz文件，并合并成一个包...

2020-04-05 21:02:06 7690 6

原创 miRNA seq差异表达分析练习（一）——GEO样本数据下载

写在前面最近看到一篇博客《RNA-seq与miRNA-seq联合分析》，关于差异表达分析的，于是就想走一遍miRNA差异表达分析的过程。数据下载地址也是该博客提供：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77276，样本取自20个中国肝癌患者的肿瘤组织，门静脉组织和癌旁组织，共计60个，分别对其进行miRNA-seq，甲基...

2020-04-05 16:51:30 7229 4

原创 python读取本地html文件表格数据保存为csv格式

当你需要用到html文件中的表格数据时，你可能会想到复制粘贴，将表格数据粘贴到EXCEL表中，但如果表格太多，或者数据量很大，复制粘贴的工作量还是很大的。本文提供一种爬虫的方法，爬取hrml中的表格数据并保存为csv文件。

2020-03-26 17:30:00 5511 1

原创巧用随机区组设计让你实验更轻松

当你一次次的实验，一次次的p值小于0.05，你是否对你的数据分析方法产生怀疑，当实验要求的重复数很大时，你是否觉得自己力不从心，手忙脚乱的做实验，然后接受一次次的失败，读完本文或许对你有所帮助。

2020-02-26 13:50:13 5601

原创 R语言告诉你该做几个实验重复

做实验最烦的可能就是p值大于0.05了，特别是所得p值不大不小，如p=0.20、p=0.15、p=0.12、p=0.051…你估计要疯掉，本文通过一个例子，告诉你设计几个重复数，才能有较大把握使得p值小于0.05，希望对你的实验有所帮助。

2020-02-25 00:06:00 1796

原创 western blot蛋白条带灰度值扫描——python

western blot常用于生物学实验中蛋白质的定性或者定量。进行定量分析时，需要扫描蛋白灰度，虽然有一些现成的工具或软件能完成这个任务，但我想试试python能不能更方便的完成。

2020-02-24 14:03:44 3117 3

原创 R语言做单因素方差分析及其结果呈现

单因素方差分析及其结果呈现——R语言一、数据录入表1 不同药剂处理的种子发芽率（%）重复 A B C 1 85 80 55 2 80 70 65 3 91 75 49 4 82 65 52 5 90 60 60 6 78 65 50 ...

2020-02-23 21:02:32 24046 13

weixin_43566022的博客