动物miRNA靶基因本地预测（一）—— 软件安装

前面几篇有讲到miRNA的差异表达分析，当我们拿到差异miRNA后，就需要对这些差异miRNA进行靶基因的预测，这能帮助我们快速的获得潜在的靶基因，缩小试验验证的基因范围。所以接下来几篇将介绍动物miRNA的靶基因预测软件的安装与使用，以及期间的数据准备和结果处理，本文先介绍4种动物miRNA的本地化预测软件的安装方法和简单介绍。

 

一、连接服务器

运行环境：Linux服务器

xshell：模拟虚拟终端的Internet和网络程序。 目的是允许计算机充当终端机。

xftp：用于计算机与服务器之间的文件传输。

xshell和xftp下载正版的，不要下载破解版的，官网下载地址：https://www.netsarang.com/zh/xshell-download/

点击“免费授权页面”，输入姓名和邮箱，选择“两者”即可获得正版免费下载链接。

二、软件安装

1、miRanda

适用范围：动物、植物

下载地址：http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do

下载好的压缩文件传到服务器，解压缩：tar zxvf miRanda-aug2010.tar.gz

进入miRanda-3.3a文件：cd miRanda-3.3a/

安装：./configure --prefix=/tools/miRanda

查看安装是否成功：which miranda

出现地址则安装成功。

2、RNA22

适用范围：哺乳动物

下载地址：https://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive/

下载完可先在电脑上解压，再将解压后的文件传到服务器使用。

3、TargetScan

适用范围：脊椎动物

下载地址：http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50

下载完可先在电脑上解压，再将解压后的文件传到服务器使用。

4、PITA

适用范围：哺乳动物、昆虫

下载地址：https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/64bit_exe_pita_prediction.tar.gz

下载好的压缩文件传到服务器，解压缩：tar -zxvf 64bit_exe_pita_prediction.tar.gz

make安装：make install