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上次给大家介绍了仙桃生信工具,一个只需15分钟就能复现生信文章的神器,还全都是零代码!后台至今都还收到小伙伴们的“催(jia)更(liang)”留言,所以这次,小编又争取到了200个使用名额免费发放!这次可不要错过咯!
第一次看到的小伙伴可能不清楚这是什么好登西,今天我就带着大家再一起去好好了解一番吧。
无论你是科研小白还是科研老手,这对你来说都将是一个颠覆性的工具!
都说生信已经成为医生性价比最高的发文章方式!所以我们经常能看到某人发布5篇生信!某实验室发布10篇生信!
为什么别人发文章这么容易?我发文章这么难?
其实呢,及时关注学界动态,高效获取优质资源非常重要。但是大量的科研资讯,热点也层出不穷,那么作为硕博新生的你,该如何做好科研,写好文章呢?
很多同学学了几年生信,攒了几百个美图代码,累计学R语言时长上千小时,感觉分析流程已经不断优化了,泛癌、GSEA等分析还是动辄1小时以上,做出来的效果也难言有多好!
原论文(左)vs 我的论文(右)
你文章不会写,是因为你方法没用对,是因为你不懂得借助外界工具!而有了仙桃生信工具,你也能像其他大神一样,轻松用15分钟复现一篇文章!
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话不多说了,我们赶紧去看下仙桃生信工具到底有多好用,我们可以用它来做什么~
01 仙桃工具有多好用?
仙桃生信工具是将一些 R 语言中常见的分析和可视化的函数进行封装和简化,并通过前端技术实现在线分析和可视化,一站式快速解决常见统计分析和可视化内容,并且提供在线拼图工具,直接输出发表级整图。
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简易、快速完成分析和发表级图片的可视化,参数丰富全面,个性化输出结果,同时提供多种格式的数据和图片下载
可以调整配色,统计方法,文本位置、颜色,线条颜色、样式、粗细、透明度,标题文本,图注,风格等内容。
但凡在R语言里能调整的细节,在仙桃工具里也通通能调,再也不用通过看复杂的R包说明书来调参数了~
2
提供在线拼图工具,一站式解决从发表级单图在线输出到发表级整图在线输出
能够对历史记录中的图片进行在线拼图,自己的图片结果通过“分析工具”上传图片模块进行上传,也可以使用拼图工具。一张全版图最多同时拼15张图。
相比于用AI和PS动辄一两天的拼图体验,仙桃工具刷刷刷在一分钟之内帮你完成参考线,对齐,自动标号,保存,简直不要太贴心了!
3
提供预清洗好的云端数据,可以直接调用进行分析和可视化
仙桃学术整理好了单个癌种、泛癌,有无合并GTEX数据三大类项目形式,包括了mRNA, lncRNA, miRNA三种分子类型,以及TPM, FPKM, RPM三种分子格式,以及每个样本的临床数据。
只要点点点就可以之间出分析结果,省去了繁杂的测序和临床数据的下载和整理工作。
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提供多种常见配色方案,一次修改,长期生效
想在通篇文章中拥有高分文章的Taste?很简单,选择预设好的高分文章配色方案就可以。什么?预设的方案还不够满意?那你可以自己进行配色选择,每次调用属于你的独家配色~
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预设最优参数
所有模块只需上传数据,点击确认即可得到最优结果。并且把附带材料与方法,结果部分的描述。
02 仙桃生信工具能做什么?
仙桃生信工具一共有 6 大类模块:
1)基础绘图:对上传的数据进行一些常见分析和可视化。
几乎Prism能做的,仙桃学术都能做,更简单,更快捷;Prism不能做的,仙桃学术也能做,稳稳地长在你的审美和需求点上!
2)表达差异:表达差异相关的模块
表达有差异,分子有意义。高通量生信分析几乎都少不了差异表达基因的筛选。火山图、热图、柱状图都属于常规中的常规分析。只要有云端数据,或者自己将数据整理好上传,你可以在一分钟内做出这些美图哦~
3)功能聚类:对于分子功能进行富集分析,从而获得分子可能涉及的功能等
筛选出了分子来,下一步就要对分子赋予生物学意义。GO, KEGG, GSEA富集分析,都可以把你的分子列表与生物学功能相挂钩。即使是CNS级别的文章,这步生物学功能分析也是常常见到的哦~
4)交互网络:分子相关或者交互类模块
分子之间有啥相关性?分子与免疫细胞浸润的相关性如何?分子之间的共表达情况怎么样?是不是想想就让人头大,又感觉必不可少。
别担心,仙桃学术一键式帮你出图!
5)临床意义:临床意义相关的模块,包括诊断、预后等模块内容。
对于想给自己的研究加点临床转化价值的说辞,诊断性分析和预后分析都是少不了的。包括ROC分析,临床相关性分析,基线资料表,单因素/多因素表,预后分析,Nomogram分析,这些都是少不了的。
临床统计太复杂?自己分析搞不定?用仙桃学术,只需要傻瓜式点点点,即可瞬间完成分析。
6)数据集模块:免费版、基础版、高级版 能具体使用的模块,以及能保存的历史记录的上限不同,所有分类还会持续更新和内容完善。
像是GEO数据集在仙桃生信工具一键式分析完,还可以修改校正图、PCA图,UMAP图,火山图和热图的配色,参数细节。
03 仙桃生信工具有多常用?
生信分析四大宝,从高通量测序结果里找差异表达的分子,给差异表达的分子赋予生物学意义,分子之间内部、或者与其他分子类型、表型进行相关性和网络构建,把分子与临床信息联合起来分析。这些分析,仙桃工具通通能做。
拿最常用的富集分析GO/KEGG来说吧,仙桃学术提供了6种基本的可视化形式。
自2003年起,已经有6404篇文献中采用了GO/KEGG富集分析了。
牛顿曾经说过:“如果我看得更远一点的话,是因为我站在巨人的肩膀上。”
如果你也想看得更远,仙桃生信工具就是你要寻找的“巨人肩膀”。
合理地利用仙桃生信工具既往的文章复现文章,不但可以帮我们少走弯路,不做无用功!你甚至还能青出于蓝,更胜于蓝,写出比原文更高分的文章。
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