STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介

最新推荐文章于 2024-07-17 11:37:19 发布
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STRING数据库是全球最大的蛋白质相互作用资源，涵盖2031个物种的9643763种蛋白和1380838440个相互作用。用户可通过蛋白名称、序列等进行检索，获取PPI网络。节点代表蛋白，边表示相互作用，颜色和线型反映交互强度和类型。此外，STRING提供GO和KEGG富集分析、子网挖掘及多种数据下载选项，是研究蛋白质相互作用的重要工具。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下

https://string-db.org/

该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个相互作用的信息。
在这里插入图片描述
通过官网提供的SEARCH功能，可以方便的检索该数据库，示意图如下
在这里插入图片描述
可以利用蛋白的名称，序列等多种格式进行检索，需要注意的是，这里虽然显示的是按照蛋白名称检索，其实你输入基因sysmbol 也是可以的，另外，对于单个蛋白进行检索，会给出于该蛋白相互作用的所有蛋白构成的网络，该功能更适用于对某个蛋白的相互作用进行探究，而一次输入多个蛋白，只会给出输入的蛋白之间的相互作用网络，更适用于挖掘输入的蛋白之间的相互作用，比如输入转录组数据鉴定到的所有差异基因，分析这些差异基因之间的相互作用。

检索完成之

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PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
Dzfly
01-07 1万+
PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
PPI-network-analysis:PPI网络的聚类和集中度分析
03-07
Louvain聚类和蛋白质间相互作用（PPI）网络的集中度分析 该存储库包含python脚本 从PPI网络中检测具有统计意义的重要社区。 进行集中度分析 要求 python 3.0 网络x 2.4 qstest 1.1.0 熊猫1.0.4 用法 用于重大社区发现 python python/find__significant_module.py -n example/example_network.txt -g example/example_input.txt -o output_dir 有关详细信息： python python/find__significant_module.py -h 用于中心性分析 python python/perform_centrality_analysis.py -n example/example_network.txt -g exampl
STRING网站分析蛋白质相互作用
qq_27390023的博客
09-28 3307
STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。 一般使用string在线数据库分析蛋白质相互作用数据文件，再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。 https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=bQ2lYDwXJ23e&input_page_show_search=on不超过2000分析结果 可以下载到Cytoscape美化
干货 | 如何证明蛋白与蛋白之间存在相互作用？
最新发布
Igenebook的博客
07-17 933
为了提高Pull-down技术的效能，我们可以将要纯化的蛋白以融合蛋白的形式进行表达，即将“诱饵”蛋白和一种易于纯化的配体蛋白结合。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与蛋白A/G（Protein A/G）偶联的 agarose 或Sepharose珠子孵育，通过离心得到珠子-蛋白A/G-抗体-目的蛋白复合物，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白，再通过Western blot 或质谱等方法进一步对复合物中的靶蛋白进行分析。
GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 & Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】
zzh1464501547的博客
10-30 6795
通过 前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数量已经有了明显的缩小，为了进一步确定Hub gene 需要借助两个工具。使用STRING在线数据库进行PPI分析。使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制。
分享一个蛋白互作网站——String （一）
weixin_46500027的博客
04-03 7479
筛选的差异基因或者想要研究的基因和哪些蛋白有相互作用呢？可以用到很多网站来进行预测，下面我们先讲最火的一个——String database.
STRINGdb包进行蛋白质相互作用网络分析
qq_27390023的博客
01-13 2509
，并能进行富集度分析。String蛋白互作网络数据库，不仅包含了直接物理作用的互作关系，还包含了蛋白之间以间接作用的互作关系。除了有实验证据支持的数据外，还有整合其他数据库中的互作数据以及利用生物信息学预测获得的互作数据。STRINGdb包提供STRING蛋白质-蛋白质相互作用数据库的R接口(STRING帮助文档。STRING数据下载。
生物信息学入门 富集分析与蛋白质互作用网络（PPI）的可视化 Cystocape入门指南
热门推荐
无名岛
03-01 5万+
网络图是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。在富集分析中，网络图常被用于表示功能与估计到该功能的基因的联系。在蛋白质互作用网络中，网络图常用于表示编码基因之间的互作用类型与作用强度，基于这些信息，还可以通过某一节点与其他节点的连接数量来判断该节点在整个网络中的贡献度（degree）。绘制网络图常使用cystoscape软件，通过输入符合规范的数据，调整合适的参数，...
PPI蛋白互作网络构建详细步骤
tqptr_opqww的博客
05-20 6636
PPI蛋白互作网络构建详细步骤 string数据库是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一，收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用，也包括间接的功能相关性。 1. 进入官网（https://string-db.org）之后，点击search，点击之后的界面如下图所示： 左侧为选项，有根据单个蛋白名字、单个蛋白序列、多个蛋白名字、多个蛋白序列来构建，这里我们以单个蛋白名字为例进行演示 2. 点击Protein b
分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作
weixin_46500027的博客
04-04 9453
今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
PPI Network.zip
04-10
很好的数据，经过清洗后的数据。提供了蛋白质相互作用信息以及蛋白质相互作用的权值。供生物信息爱好者参考。
biovec:ProtVec可用于蛋白质相互作用预测，结构预测和蛋白质数据可视化
05-02
2017年 蛋白质分类超过蛋白质ngrams矢量表示的总和 通常，生物信息由字符数组表示，但建议通过将其表示为矢量，可以更轻松地存储信息以进行分析。 作为特定的应用范围， 家庭分类 蛋白质可视化 结构预测 蛋白质无序鉴定 蛋白质相互作用预测。 这样的分类和预测很容易理解用法，但是我个人认为蛋白质可视化将是最有用的。 除非序列短或结构已知，否则似乎目前不掌握蛋白质整体的方法通常不受欢迎，因此我认为这种表达方法具有一定的实用性。 尽管乍一看这个想法似乎很奇怪，但是在某种程度上，它是自然语言中公认的。 见另一种实现方式 ， 论文： : 如果没有数据库，可以从下面的链接下载。 Uniprot（瑞士保护） 厌恶 如果您不在Mac OS上运行，请尝试此操作 如何安装和使用 安装python软件包。 点安装-r requirements.txt cf）如果您使用macos并遇到与m
PPI-network-analysis
03-06
基于Louvain社区检测算法的聚类蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。 该存储库包含使用的python脚本- 从PPI网络中检测具有统计意义的重要社区。 进行集中度分析 要求 python 3.0 网络X 2.4 qstest 1.1.0 熊猫1.0.4 用法 在终端/外壳上： 对于重要的社区检测： python python / find__significant_module.py -n example / example_network.txt -g example / example_input.txt -o output_directory 有关更多选项： python python/find__significant_module.py -h 对于中心性分析： python python/perform_centrality_analysis.py -n
SarsCov2-PPI-Network：SARS-COV 2网络图的初步数据分析
02-25
SarsCov2-PPI网络 SARS-COV 2网络图的初步数据分析
ppi蛋白质相互作用网络
10-02
蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络是生物网络中的重要组成部分，也是后基因组时代的热点研究问题。PPI网络揭示了蛋白质之间的相互作用关系，有助于理解细胞内复杂的结构和功能。其中，string数据库是目前应用最广泛...
蛋白质-蛋白质相互作用网络分析
06-17
蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）网络分析是生物信息学领域的一个关键研究方向。它涉及到生物体内的复杂系统，其中蛋白质作为执行生命过程的基本分子单元，通过相互作用形成网络。这个...
DeepFunc：一种深度学习框架，可根据蛋白质序列和相互作用准确预测蛋白质功能
qq982519162的博客
12-03 4413
摘要 蛋白质功能的诠释对于从分子水平理解生命具有重要作用。高通量测序产生了大量的原始蛋白质序列，只有大约1%的蛋白质序列被人工标注了功能。函数的实验性注释是昂贵的、耗时的，并且跟不上序列号的快速增长。这促使了预测蛋白质功能的计算方法的发展。提出了一种新的深度学习框架DeepFunc，该框架能够从蛋白质序列和PPI网络中准确预测蛋白质的功能。更准确地说，DeepFunc使用一个长而稀疏的二进制向量来编码从InterPro工具收集的与输入蛋白质序列相关的结构域、家族和基序的信息。该向量经过两层神经网络处理后得到
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