STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介

最新推荐文章于 2024-05-04 08:00:00 发布
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研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下

https://string-db.org/

该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个相互作用的信息。
在这里插入图片描述
通过官网提供的SEARCH功能，可以方便的检索该数据库，示意图如下
在这里插入图片描述
可以利用蛋白的名称，序列等多种格式进行检索，需要注意的是&#

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专栏目录
如何根据PPI网络进一步挖掘信息
庐州月光的博客
11-06 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 从数据库中得到蛋白质的相互作用信息之后，我们可以构建蛋白质间的相互作用网络，但是这个网络是非常复杂的，节点和连线的个数很多，如果从整体上看，很难挖掘出任何有生物学价值的信息，所以我们需要借助一些算法来深入挖掘。 随着各个数据库中信息通量的不断提高，基于网络的分析方法越来越受欢迎，比如我们常见的蛋白质相互网络，基因共表达网络，转录因子调控网络，pathway网络...
PPI网络实战：String加CytoScape联手挖掘PPI网络
热门推荐
庐州月光的博客
11-07 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。 MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape...
STRING网站分析蛋白质相互作用
qq_27390023的博客
09-28 3000
STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。 一般使用string在线数据库分析蛋白质相互作用数据文件，再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。 https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=bQ2lYDwXJ23e&input_page_show_search=on不超过2000分析结果 可以下载到Cytoscape美化
分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作
weixin_46500027的博客
04-04 9154
今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
Redis-五大数据类型-String（字符串）
最新发布
qq_57157023的博客
05-04 1758
- String是Redis最基本的类型，一个key对应一个value。 - String是二进制安全的，意味着String可以包含任何数据，比如序列化对象或者一张图片。 - String最多可以放512M的数据。
string数据库使用和实践的第二部分网页展示http://string-db.org/
mystrugglelife的博客
02-27 7398
主页protein-mode该模式中，string数据库能够预测到特定物种中的某一个蛋白质的相互作用关系通过该模式可以获取最多的特异性，但是覆盖面就会较小一些，原因是该模式中，string不会准确的去获取其他物种的直系同源物，取而代之的是通过序列中的相似性搜索来估计直系同源简单来说，物种间的相互作用关系信息的传递是基于“degree or orthology(直系同源度）”，（一种string用来...
跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)
weixin_45822007的博客
05-04 4253
9.PPI分析(GeNets数据库)“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell...
idea连接达梦数据库出现input string "8"问题,驱动已修复
06-21
此外，确保数据库服务器运行正常，网络连接无阻塞，这些也是排查问题的关键。 总的来说，解决IDEA连接达梦数据库时出现的“input string \"8\"”问题，主要从驱动版本更新、源码修复和配置检查三个方面入手。通过对...
JAVA网络编程：第5章 连接数据库
05-10
JAVA 网络编程：第 5 章 连接数据库 本章节主要介绍了 Java 网络编程中连接数据库的相关知识点，包括数据库的概念、关系型数据库、JDBC 的概念和类型、JDBC 驱动程序的使用、连接数据库的步骤等。 一、数据库概念 ...
STRING数据库使用教程.pdf
10-08
STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个全球知名的数据库，它整合了多种类型的蛋白质相互作用数据，旨在帮助研究人员理解生物网络的复杂性。在本教程中，我们将深入探讨...
Mysql数据库乱码问题:Incorrect string value
12-14
　这里一共显示了4中字符集，Server characterset是数据库服务器的编码，DB characterset是数据库的编码，client characterset是客户端的编码，conn characterset是建立连接时使用的编码。为了很好的兼容英文和中文...
PPI-network-analysis:PPI网络的聚类和集中度分析
03-07
Louvain聚类和蛋白质间相互作用（PPI）网络的集中度分析 该存储库包含python脚本 从PPI网络中检测具有统计意义的重要社区。 进行集中度分析 要求 python 3.0 网络x 2.4 qstest 1.1.0 熊猫1.0.4 用法 用于重大社区发现 python python/find__significant_module.py -n example/example_network.txt -g example/example_input.txt -o output_dir 有关详细信息： python python/find__significant_module.py -h 用于中心性分析 python python/perform_centrality_analysis.py -n example/example_network.txt -g exampl
SarsCov2-PPI-Network：SARS-COV 2网络图的初步数据分析
02-25
SarsCov2-PPI网络 SARS-COV 2网络图的初步数据分析
PPI Network.zip
04-10
很好的数据，经过清洗后的数据。提供了蛋白质相互作用信息以及蛋白质相互作用的权值。供生物信息爱好者参考。
论文研究-基于动态加权PPI网络的关键蛋白质识别算法.pdf
07-22
与静态PPI网络相比，动态PPI网络更能体现蛋白质之间相互作用的真实情况，并有效降低PPI网络中的假阴性。现有的关键蛋白质预测方法主要应用在静态PPI网络，忽视了PPI网络的动态特性。为有效预测关键蛋白质，利用基因...
蛋白相互作用数据库，STRING使用指南
leroylee7的博客
01-29 4407
对于基因组数据分析而言的话，我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。 蛋白相互作用分析的数据库有很多，至于为什么选择STRING，还是在于其强大的可视化，以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时，还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下STRING数据库如何使用吧~ 基本检索 我们在打开数据库之后，在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。如果我们有一个目标蛋白，想要查看这个蛋...
[STL]string
Protein_zmm的博客
05-04 224
C++ string讲解
蛋白质互作网络分析
aganlala的博客
03-31 4480
简介 蛋白质互作网络（protein protein interaction network，PPI network）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生物医药领域有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点等等。 STRING数据库 STRI
通过NetworkAnalyst在线服务构建PPI网络
庐州月光的博客
11-07 6532
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! NetworkAnalyst是一个在线网站，通过该网站可以方便的分析基因表达谱数据，比如聚类，差异分析，富集分析等等，而且可以基于基因来构建各种相互作用网络，该网站的地址如下 http://www.networkanalyst.ca/faces/home.xhtml 输入数据可以是基因或者蛋白的列表，也可以是基因在所有样本中表达量的表格。对于表达量数据，支...
ppi蛋白质相互作用网络
10-02
蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络是生物网络中的重要组成部分，也是后基因组时代的热点研究问题。PPI网络揭示了蛋白质之间的相互作用关系，有助于理解细胞内复杂的结构和功能。其中，string数据库是目前应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。该数据库收录了超过14,000个物种、6千多万种蛋白和200多亿个相互作用的信息。这些相互作用既包括直接的物理作用，也包括间接的功能相关性。

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