mha.文件和nii文件的读取与写入应注意的问题spacing

医学图像的数据有好多后缀是mha.和nii.格式的，python读取与写入它们需要特殊的包。
用到的包主要有两种*SimpleITK***和***nibabel***
其中SimpleITK两种格式的数据均可读取，代码图下。

import SimpleITK as sitk
file = sitk.ReadImage(file_path)
file = sitk.GetArrayFromImage(file)

nibabel只能读取后缀为nii格式的数据，代码如下。

import nibabel as nii
file = nii.load(file_path)
file = file.get_data()

写入时需要注意一个问题，像这种三维数据都有一个spacing属性，可以理解为像素之间的间隔，不同医学仪器拍出来的数据的spacing属性通常是不同的，因此，在保存写入*mha.或者nii.数据时需要把原始数据的属性spacing也保存进去，如果保存写入时不设置spacing属性，默认为 [1,1,1],会导致与原先数据的维度不一致。保存mha.*格式数据代码如下。

import SimpleITK as sitk
file = sitk.ReadImage(file_path)
spacing = file.GetSpacing()  #读取该数据的spacing
####经过一系列操作，生成三维数组 result_file,然乎将result_file保存为mha.格式的文件
result_file =  sitk.GetImageFromArray(result_file)
result_file.SetSpacing(spacing) # 设置spacing，这一步别忘了
sitk.WriteImage（result_file,'保存路径'）