使用MONAI处理NTFI格式医学图像时,要安装可选功能
https://docs.monai.io/en/latest/installation.html#installing-the-recommended-dependencies.
默认情况下,安装步骤将只下载和安装MONAI的最低要求。可以使用extra语法安装可选的依赖项,以支持其他功能。
例如,要安装具有Nibabel和Scikit映像支持的MONAI:
git clone https://github.com/Project-MONAI/MONAI.git
cd MONAI/
pip install -e '.[nibabel,skimage]'
或者,要安装所有可选的依赖项:
git clone https://github.com/Project-MONAI/MONAI.git
cd MONAI/
pip install -e '.[all]'
要使用基于MONAI开发环境设置的pip安装所有可选依赖项,请执行以下操作:
git clone https://github.com/Project-MONAI/MONAI.git
cd MONAI/
pip install -r requirements-dev.txt
自MONAI v0.2.0以来,可以通过PyPI获得诸如pip-install“MONAI[inabel]”之类的额外语法。
pip install 'monai[all]
-
The options are
[nibabel, skimage, pillow, tensorboard, gdown, ignite, torchvision, itk, tqdm, lmdb, psutil, cucim, openslide, pandas, einops, transformers, mlflow, clearml, matplotlib, tensorboardX, tifffile, imagecodecs, pyyaml, fire, jsonschema, ninja, pynrrd, pydicom, h5py, nni, optuna, onnx, onnxruntime]