MONAI（Medical Open Network of AI）环境搭建以及官方例程

最新推荐文章于 2024-07-28 16:09:24 发布
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分类专栏： MONAI 文章标签： 人工智能 深度学习 python
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36272326/article/details/105908925
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本文介绍了MONAI——一个基于PyTorch的医疗成像深度学习框架，以及如何在Windows环境下搭建包含Anaconda、PyTorch、MONAI、Ignite和Jupyter的开发环境。详细步骤包括创建Anaconda环境、安装所需库，并通过Jupyter Notebook运行官方例程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

MONAI – Medical Open Network of AI

简单介绍

MONAI 是一个基于 pytorch 的深度学习开源框架，主要用于医疗成像领域。它最初是由 NVIDIA 和伦敦国王学院发起的项目，旨在建立一个用于医疗成像领域的跨学术、企业和临床研究人员的 AI 实战社区。特点为：

  • 开源
    MONAI 是一个基于 PyTorch 架构的开源项目，并根据 Apache 2.0 许可发布。
  • 标准化
    旨在为医疗研究人员提供 AI 开发的最佳体验，并专注于医学成像。
  • 用户友好
    提供易于用户理解的错误提示和易于编程的API接口。
  • 可重现
    提供研究实验的可重复性，以便与最新的研究进行比较。
  • 易于集成
    设计为与现有的工作兼容，并且易于与第三方各种组件相互集成。
  • 高质量
    提供用于企业级开发的高质量软件，入门指南以及文档资料。

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MONAI：医学图像AI工具包-python
06-18
MONAI：医学图像AI工具包 人工智能医疗开放网络 MONAI 是一个基于 PyTorch 的开源框架，用于医疗成像领域的深度学习，是 PyTorch 生态系统的一部分。 它的目标是：发展一个学术、工业和临床研究人员在共同基础上合作的社区； 为医疗影像创建最先进的端到端培训工作流程； 为研究人员提供优化和标准化的方式来创建和评估深度学习模型。 特性 代码库目前正在积极开发中。 灵活的多维医学影像数据预处理； 易于集成到现有工作流程中的组合式和可移植 API； 针对网络、损失、评估指标等的特定领域实现； 针对不同用户专业知识的可定制设计； 多 GPU 数据并行支持。 安装 安装当前版本： pip install monai 从源代码库安装： pip install git+https://github.com/Project-MONAI/MONAI#egg=MONAI 或者，预构建的 Docker 镜像可通过 DockerHub 获得: # with docker v19.03+ docker run --gpus all --rm -ti --ipc=host p
MONAI：用于医疗成像的AI工具包
02-05
中号edicalö笔Ñetwork为AI MONAI是基于的框架，用于医疗影像学的深度学习，是一部分。 其目标是： 建立一个在共同基础上合作的学术，工业和临床研究人员社区； 创建最新的，端到端的培训流程以进行医疗成像； 为研究人员提供优化和标准化的方式来创建和评估深度学习模型。 产品特点 该代码库目前正在积极开发中。 请查看当前里程碑版本。 灵活的多维医学成像数据预处理； 组合和可移植的API，可轻松集成到现有工作流程中； 网络，损耗，评估指标等领域特定的实现； 可定制的设计，以适应不同的用户专业知识； 多GPU数据并行性支持。 安装 要安装，您只需运行： pip inst
MONAI入门介绍
最新发布
qq_55317476的博客
07-28 611
​ MONAI (Medical Open Network for AI) 是一个专注于医疗图像处理的深度学习框架。下面我们将介绍如何使用 MONAI 进行数据预处理、DataLoader 构建、模型训练以及推理。: 是一个列表，每个元素是一个字典，包含了训练集中每个样本的图像和对应的标签文件路径。例如，表示第一个样本的图像文件路径，表示对应的标签文件路径。val_files: 类似于，包含了验证集中每个样本的图像和标签文件路径。DiceLoss。
教程：MONAI教程
02-03
MONAI教程 该存储库托管MONAI教程。 1.要求 大多数示例和教程都需要和 。 这些可以通过以下方式安装： python -m pip install -U pip python -m pip install -U matplotlib python -m pip install -U notebook 一些示例可能需要可选的依赖项。 如果出现任何可选的导入错误，请根据MONAI的安装相关的软件包。 或使用以下命令安装所有可选要求： pip install -r https://raw.githubusercontent.com/Project-MONAI/MONAI/master/requirements-dev.txt 从Colab运行笔记本 大多数Jupyter笔记本都有“在Colab中打开”按钮。 请右键单击该按钮，然后选择“在新选项卡中打开链接”以启动带有相应笔记本内容的Colab页面。 要通过Colab使用GPU资源，请记住将运行时类型更改为GPU ： 从“ Runtime菜单中选择“ Change runtime type 从下拉菜单中选择GPU 单
AI 医疗：MONAI用于医疗影像领域的深度学习
u013343616的博客
07-24 690
一套开源、免费的协作框架，旨在加速医学成像领域的研究和临床协作。目标是通过构建一个强大的软件框架来加快创新和临床转化的步伐，该框架有利于几乎各个级别的医学成像、深度学习研究和部署。MONAI利用 3D Slicer 和 DeepEdit 算法来注释您的图像并创建您的 AI 注释模型。MONAI Core 拥有两种最先进的基于变压器的特定于医学成像的架构。
Monai使用
encourageykk的博客
10-14 1927
Step 1: 创建新环境，Step 2: 安装torch gpu,根据电脑的cuda版本在获取相应的命令，若不使用GPU版本的pytorch则直接到Step 3Step 3: 安装Monai,Setp 4: 安装itk, nibabel包，Step 5: 安装matplotlib, jupyter等其它依赖包，
MONAI 3D目标检测官方demo实践与理解（一）项目搭建，训练部分的运行
qq_43385070的博客
07-08 2368
最近在学习医学图像相关的3D目标检测，刚好MONAI更新了3D目标检测相关的模块，就去找来官方的案例学习，此为第一部分
monai学习
思维缜密的博客
04-28 2040
这是monai特有的类型也是原本的tensor，带上meta data，例如affine，spacing，direction，origin两个MetaTensor相加，如果is_batch为False，则复制第一个的metadata。
MONAI简要介绍及相关资源
weixin_46853752的博客
03-01 1615
医学成像最困难的方面是预处理数据，因为医疗数据与标准RGB /灰度图像不同。它需要特殊的处理和功能来预处理或后处理它们。MONAI是一个大型图书馆，是医学成像最好和最大的开源框架之一，也是这篇博文的主题。MONAI是由Kitware开发的开源框架，Kitware是一家拥有许多开源工具的公司。它建立在 PyTorch 上，导入和修改了许多 PyTorch 函数。还有MONAI特有的功能，可用于预处理和后处理医学图像（Dicoms和Nifti）。MONAI包括大量尖端架构，您可以简单地导入和使用。
monai-code-formatter:用于自动格式化MONAI的源代码文件的github操作-Form source code
03-25
黑色的Python代码格式化程序 这个仓库实现了两个选项，可以使用GitHub动作用Black格式化python代码。 格式更改将提交回源分支（触发操作的PR）。 选项1使用格式化程序工作流程 由于Github令牌的写权限受到限制，它不适用于来自分叉的拉取请求。 用法 - uses : project-monai/monai-code-formatter@master with : # options to the auto formatter (Black) format_args : # email address used to write git commit email : # username used to write git commit username : # commit message messag
VS_Seg:MONAI（PyTorch）自动分割前庭神经鞘瘤
03-16
通过对比增强的T1加权和高分辨率T2加权MRI自动分割和量化前庭神经鞘瘤的人工智能框架。 Journal of Neurosurgery，1（aop），第1-9页。 TCIA数据集 这些出版物中描述的数据集可在The Cancer Imaging Archive（TCIA...
Python库 | monai-0.2.0-202007061745-py3-none-any.whl
02-17
Monai（Medical Open Network for Artificial Intelligence）是一个专为医疗成像领域设计的开源深度学习框架，由NVIDIA公司发起并维护。这个库是基于PyTorch构建的，旨在简化医疗图像处理、分析和建模的工作流程。在...
MONAI深度学习
l2181265的博客
09-26 1346
参考：MONAI Project monai是一款基于pytorch的深度学习开源框架，主要用于医学图像的处理（分类、分割等）。 主要优点：集成性好，训练速度快，涵盖当今流行的分类/分割网络。（更多优点待探索） 缺点：对硬件要求较高，处理3D图像时，电脑配置太低就算了。 安装MONAI 推荐安装方式： git clone https://github.com/Project-MONAI/MONAI.git cd MONAI/ pip install -r requirements-dev.txt API
一款专门为医学图像定制的框架（MONAI），太好用了！
热门推荐
u014264373的博客
02-04 1万+
就是这个框架~~~~~ 思考一下几个问题 在pytorch中如何加载nii.gz格式的三维数据，dataset应该怎么写？ 在pytorch中，如何对医学数据做一些常用transform？比如CT图像中，你只想要-40到160之间的CT值，并把这之间的值归一化到[0,1]. 在刚开始一个项目时，是不是想要快速搭建好一个baseline，并且希望dataset和dataloder可以一句话搞定，不管是二维还是三维，model也可以直接调用，总之，一句话，我不太想写什么代码。 ..
MONAI教程＜1＞-安装
u014264373的博客
02-04 7727
MONAI的安装非常简单，常用的有两种方法： 直接 pip install monai 从GitHub 上安装 monai是通常配合其他库一起使用的，比如pytorch, nibabel, skimage, pillow等等。缺什么直接pip install 就行
医学开放式人工智能网络（MONAI） 安装
qq_40433890的博客
10-28 1843
医学开放式人工智能网络（MONAI）是一个免费提供、社区支持、基于Pythorch的医疗影像学深度学习框架。它为开发训练工作流程提供了领域优化的基础功能。 所以先安装pytorch，安装教程请自行百度。 进入cmd，进入pytorch环境下： pip install monai 最新版本为0.3.0 ...
利用MONAI加速医学影像学的深度学习研究
吴建明wujianming_110117
07-26 1703
利用MONAI加速医学影像学的深度学习研究 Accelerating Deep Learning Research in Medical Imaging Using MONAI 医学开放式人工智能网络（MONAI）是一个免费提供、社区支持、基于Pythorch的医疗影像学深度学习框架。它为开发训练工作流程提供了领域优化的基础功能。 在4月份发布的gtc2020 alpha版本的基础上，MONAI现在发布了0.2版本，为医学成像研究人员提供了新的功能、示例和研究实现，以加快人工智能开发的创新步伐。有关更多信息
monai 是python的什么包
07-12
MONAI（Medical Open Network for AI）是一个基于Python的开源软件包，用于医学图像分析的深度学习任务。它提供了一系列工具和算法，用于处理和分析医学图像数据，帮助研究人员和开发者在医学影像领域进行深度学习模型的开发和部署。 MONAI支持各种医学图像任务，包括图像分割、分类、生成等。它提供了丰富的预处理和后处理函数，用于数据增强、标准化、裁剪等操作，以提高深度学习模型的性能和鲁棒性。此外，MONAI还提供了一系列用于构建、训练和评估模型的工具和API，使得医学图像分析变得更加简单和高效。 您可以使用pip命令来安装MONAI包： ```shell pip install monai ``` 一旦安装完成，您就可以在Python代码中导入MONAI并开始使用它来处理和分析医学图像数据了。例如： ```python import monai # 使用MONAI进行医学图像数据的加载和预处理 data = monai.utils.nib.load_image("image.nii.gz") data = monai.transforms.RescaleIntensity()(data) data = monai.transforms.ToTensor()(data) # 构建和训练深度学习模型 model = monai.networks.nets.DenseNet(spatial_dims=3, in_channels=1, out_channels=2) trainer = monai.engines.SupervisedTrainer(model, optimizer, loss_function) trainer.fit(data_loader) ``` 通过MONAI，您可以更轻松地处理和分析医学图像数据，加速医学影像领域的深度学习研究与应用。
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