进行文献管理

做研究离不开阅读大量的论文。文献资料的管理将随着研究年限的增加变得越来越重要。以我自身的经历说说文献管理的建议。

最开始的时候,文献大部分都是一些pdf文件,自己就用文章题目作为文件名,放在文件夹里,文件夹的名字是文献的类别,比如“纹理分类”、“人脸检测”。但是如果想找某个作者,或者某年、或者某个会议或期刊的论文,或者综合上述信息进行查找时就变得很不容易了。那就把第一作者的名字加到文件名的最前面,再把年份加上,再把会议名字加上…等到文献有上百篇的时候,自己都不想整理了。等写论文的时候,还得再按照不同的参考文献格式要求重新找文献的信息。这样做一定不科学啊,这么多聪明的科研人员不可能都是这样收集文献,整理文献的啊。每次写论文也不能一条条地调格式啊。

这时候文献管理软件来了。发现科研论文是用LaTex写的,不用管格式了,包括参考文献的格式,作者只专注内容就好。然后发现里面有专门处理参考文献的bibtex。原来可以把文献按照固定的格式和条目组织起来的,自然就发现了可以管理bib文件的软件:JabRef。这是用Java写的免费软件,直接读取bib文件,和LaTex配合起来很好。而且既然可以把文献信息结构化地管理起来了,就不一定非要在LaTex环境下使用,竟然可以把查考文献导出到word里面。顺藤摸瓜发现word2007里面也有记录参考文献的bibliography功能,可惜不像bib一样以文本文件记录,而且不容易被其他软件使用,所以不流行。

最开始是想写论文时方便应用和插入参考文献,JabRef很好的满足了,博士论文和小论文都用的很舒服,但是同时也发现原来的那些pdf还是在那些文件夹里。这时候自然而然地想到要管理自己的参考文献,有人说叫知识管理,但是至今没发现好用的知识管理软件,因为知识这种东西太抽象了,笔记、文献、头脑风暴都是知识,没有哪款软件能兼顾所有。所以针对科研工作,把论文管理好就行。2010年左右开始用火狐浏览器,因为其中的一个插件:Zotero。这时的Zotero只是火狐的插件,在浏览器下方打开一个窗口,不仅能保存文献信息,还能把网页的内容保存下来,感觉是要做网页剪辑功能。同一时期也用过其他在线的工具,比如Mendeley等等,但是比较下来,JabRef更能满足我当时的需求。Zotero使用过一段时间就没再理会,随着火狐变得臃肿,改投chrome了。

管理论文的pdf文件始终没得到很好的解决,还是利用之前的文件夹+文件名的形式管理,直到Mendeley推出了桌面版。可以方便从网页抓取文献信息和论文pdf,感觉很智能。现在有好几台设备,注册个账号,可以利用它的云服务同步信息,可惜免费空间就几百兆空间,那么多pdf文件不够用啊。如果用我的坚果云同步,就得改注册表。这么用了一年还不错,没想到在一次更新软件版本后,即使修改注册表后,那些功能不好用了。这怎么办呢?

如果当年的在线版Mendeley都推出了桌面版,那么Zotero呢?上网一查,原来Zotero也早推出了桌面版,免费开源软件,果断下载下来。虽然不像Mendeley那样有Elsevier大金主支持,但是功能也不差。关键是允许你用自己的网络存储空间。折腾了半天,发现软件里可以设置使用WebDAV,我的坚果云支持,而且官网里有帮助教程:

坚果云使用 Zotero 配置过程详解

但是这种服务存储的是某种压缩后的数据格式,无法在其他设备上直接查看,比如ipad,而要装一个APP:papership。直到坚果云的官方公众号发了这篇文章,算是彻底解决了:

【高阶】Zotero配合ZotFile搭载坚果云引擎,起飞!

有意思的是,如果在搜索引擎里搜索,大部分都是坚果云官网上的WebDAV模式,而上面公众号里的“高阶”方法却不容易搜到。

现在,Zotero负责同步文献的基本信息,pdf文件只是链接,这些数据很小,免费提供的空间足够了,而pdf文件实体存储在坚果云上,可以在多台设备间同步,算是比较完美的解决方案。

最后的问题是,收集了那么多文献,没空读 ?

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