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程序问题
Chipeyown
这个作者很懒,什么都没留下…
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conda 安装特定版本程序包
这几天要在服务器上使用Seurat,结果发现R-3.6.1上怎么都无法安装Seurat,就想安装一个3.5.1版本的R,因为知道这个能用。所以就想使用conda 安装一个特定版本的R在网上找到了一个conda的使用方法,自己记录一下。首先,先使用conda search搜索一下所有源上面可以安装的R版本>conda search RLoading channels: done# N...原创 2019-12-31 18:22:58 · 2700 阅读 · 0 评论 -
解决python包ModuleNotFoundError问题
做生信分析时要使用deeptools这个包,包是用python写的,使用python setup.py install --prefix /home/ltf/package/deepTools-3.3.0将程序安装到服务器自己的账户上,然后在~/.bashrc这个环境变量中加入路径PATH=/home/ltf/package/deepTools-3.3.0/bin:$PATHsourc...原创 2019-05-29 21:57:09 · 50250 阅读 · 6 评论 -
单行命令!!!
一些强大的单行命令1,输出in.txt文件的第 2,4 列awk '{print $2,$4}' in.txt2,输出第四列为’yes‘的行awk '$4=="yes"' in.txt3,输出第四列不为’yes‘的行awk '$4!="yes"' in.txt4,输出第三列满足正则表达式的行(不满足的话在~前加!即可)awk '$3 ~ /^[a-g]/' in.txt...原创 2019-06-02 22:07:43 · 322 阅读 · 0 评论 -
anaconda解决python2和python3共存和切换
在linux服务器上,很多软件都是使用python2写的。但是现在写脚本一般都是使用python3 的,所以需要将python3也装上去。一个很简单的方法就是直接下载,然后设置软链,将python3也装上去,但是安装需要root权限,像我这种新手,还没有接触到root。所以,最后找到了一个简单的方法:通过虚拟环境将其装上去。听起来很麻烦,其实很简单,几行命令就可以了。在命令行:(base)...原创 2019-08-14 15:47:38 · 526 阅读 · 0 评论 -
python2的一个bug
最近写脚本的时候,发现了python的一个bug>>>a='accepted_hits.bam'>>> a.rstrip('.bam')'accepted_hits'这个很正常>>> pre='accepted_hits'>>> a='%s.sam'%pre>>> a.rstrip('.sam...原创 2019-08-20 14:57:10 · 150 阅读 · 0 评论