weixin_43745169的博客

计算覆盖度

matplotlib 部分内置颜色介绍在作图时，很多时候图省事，颜色选项就让程序自己选择了，下面是程序默认的颜色：但其实，matplotlib程序中，还是内置了不少漂亮的颜色搭配可供选择的：但是这些颜色怎么使用，网上的教程并不多。自己也是实际使用的时候，折腾了好久，才算是了解了一些简单的用法，所以码下来，防止下次使用时再去头疼。内置颜色的使用方法很多时候设定颜色，会直接设定一个数组，例如：colors=['grey','lightskyblue','springgreen']以扇形图为例

问题做生信分析时，会遇到很多样品需要用同一个脚本去分析的情况。这些脚本除了样本名字需要更改，其他的都一样。有时候就会遇到这样的尴尬情况：（1）如果这些样品一次性提交，然后在后台一个一个的依次分析比较费时间。（2）如果同时把这些样品全部分析，服务器又带不动。（3）每次同时分析3个，结束了再提交3个，这个样子就会一直在忙着查看程序进程及提交新的程序，非常累。用一个比较容易理解的例子来讲就是：服务器出了一系列bug。如果只招一个程序员，一个一个的去修改，太慢了。如果招上和bug数量相等的程序员，每人解决

pandas 读取文件pandas读取文件常用方法有：函数说明read_csv读取csv文件，默认分割符号为逗号read_excel读取xlsx文件，默认分割符号为空格read_table可读取常见的各种文本文件，默认分隔符为’\t’read_clipboard从粘贴板上读取数据这些命令的用法和R语言上面的风格很相似。pandas读取exc...

plt作图做subplot及各种基础https://www.jianshu.com/p/da385a35f68dplt字体属性详解https://zhuanlan.zhihu.com/p/32150177plt绘制带有误差线的条形图https://blog.csdn.net/songyunli1111/article/details/83625639...

pandas合并df的方法pandas合并文件共有四种方法，分别是merge, append,join与concatmerge与join处理df的效果类似，可以用来根据特定列取交、并、补集，一个特殊的用法就是对表格进行注释。append合并df更体现在两个完全平行独立的表格的合并。例如：将一个表格写到另一个表格下面或者右面等。concat的用法，不懂啊。。merge的用法merge函数...

pandas索引的重新设置重新设置索引有三种方法reset_index，set_index以及reindex常用的是前两种reset_index: 重新设置索引列，索引为: [0,1,2,3,4,5,6…]set_index: 可以设置特定列为索引首先，构建dataframeimport pandas as pdd={'gene':{'a':'gene1','b':'gene2',...

pandas的str方法pandas特定的列经过str之后，就可以使用各种python常用的字符处理方法了。首先，构建dataframe:import pandas as pdd={'gene':{'a':'gene1','b':'gene2','c':'gene3','d':'gene4'},'expression':{'a':'low:0','b':'mid:3','c':'mid:4...

apply 赋予了pandas非常高灵活性。特别是配合上lambda函数之后，可以简化很多程序。特别是以行或者列处理问题的时候，非常方便简单使用首先，构建一个dataframeimport pandas as pdd={'one':{'a':1,'b':2,'c':3,'d':4},'two':{'a':5,'b':6,'c':7,'d':8},'three':{'a':9,'b':10,...

对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。获取想要的data的SRR号发表的文章后面都是......