Shell入门笔记：Linux批量提取文件名/shel文件名提取日期/NCL批量读取文件(shell脚本结合)

在大型计算时，我们会使用linux系统，而linux系统下使用Shell脚本进行一些批处理任务会十分方便，在这里，我将以我个人遇到的问题为例，结合Shell语言的一些常用命令和知识点，完成对于Shell的基础入门。

问题描述

我有来自美国国家冰雪中心的（NSIDC）的一些冰雪海冰数据文件，以nc储存，文件命名格式为：RDEFT4_yyyymmdd.nc
同时，我有一个NCL脚本，这个脚本可以对该数据进行插值导出。导出文件命名为FILE_yyyy-mm-dd.nc。
我的脚本只能针对于一个文件，我想加一个循环实现ncl脚本对这些文件的批量处理，而NCL在批量读取文件上的速度并不理想，因此，在这里我想将Shell脚本结合，从Shell中循环获取我想要的文件名，再在ncl中读取文件。

文件命名。

思路

根据文件命名特点，在NCL中，我们构造读取文件的方式为:

ymdd1="20180510"
ymdd2="2018-05-10"
data_filename="RDEFT4_"+ymdd1+".nc"
f=addfile(data_filename,"r")
output_file_name = name+ymdd2+ ":" + DATE

从上可知，我们需要从文件名中得到对应的ymdd1,再将其转换为ymdd2格式，输入至NCL中。
因此我们的思路可以分为以下几步：
1、shell脚本获取对应文件名
2、shell从对应文件名提取日期date1
3、shell将date1格式转变为yyyy-mm-dd格式，存入date2。
4、将date1、date2作为变量输入至NCL。
5、在shell脚本中，循环执行NCL。
下面，我们将首先简单介绍这几步中使用到的shell命令和知识点，再结合实例撰写代码脚本，并根据知识点进行代码解析，

相关Shell命令介绍

循环与条件语句

Linux下的循环与条件语句并没有什么特别，与其他语言类似，循环主要分为：

1、for循环，又之为条件循环，或者for i in ，其循环次数和给与的条件是成正比的，基本使用结构为：

for 变量名 in 取值列表
do
命令序列
done

2、until循环，条件测试循环，只要条件不成立则反复循环。

until 条件测试操作
do  
   命令序列
done

3、While循环，与untill相反，只要满足输入条件，则开始循环

while语句结构
while 条件测试操作
do
   命令序列
done

条件则分为：
1、test命令，测试条件是否成立，成立返回1，不成立返回0，主要进行逻辑判断，常用于测试权限和文件目录是否存在。
2、If语句，主要进行条件测试，满足则执行命令，不满足则不执行，常与for循环连用。
3、case语句，用于多在情景下的输出：常用于分类输出，如，输出学生成绩分段等。
关于循环与条件语句，可参照这两篇博文理解：Linux条件测试 Linux循环架构
在本次实例中，主要是用For循环与if语句结合。

Linux变量

Linux的变量可分为：环境变量与自定义变量。
在lshell中，当你想定义一个变量时，非常简单，只需：变量名=赋值内容，即可完成变量定义与赋值。
值得注意的是，变量名称依然有着它的规范：如能使用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开头。中间不能有空格，可以使用下划线（_）、不能包含特殊字符等等。
特别地，变量赋值时，=两端不能有空格，否则赋值失败。
当我们想使用自己定义的变量时，需要用$varname来使用，否则shell无法判断这是命令还是变量。

Shell中的特殊字符

Shell 特殊字符纷繁复杂，在shell中，如果无法正确的使用各种特殊符号，则会对我们执行命令带来许多麻烦。可分为：特殊变量，替换符，转义字符，字符串符（引号），功能符，运算符。
这些字符数量众多却零碎，依靠死记硬背并不现实，因此建议使用者先有一个初步的概念，在真正使用时再去查询用法。
特殊字符的整理可见：Shell特殊字符在本文中，我们主要使用以下字符：
1、$符号来定义变量
2、‘’ " "单双引号表明字符串
3、``英文半角符号，作为声明整句作为命令执行。
4、{}花括号，分隔扩展。
5、正则与贪婪匹配文件名日期等等。

Shell正则匹配/通配符(贪婪与非贪婪匹配)

Shell中的正则与通配符属于Shell中的特殊字符，主要用于提取字符串中对应的信息。
贪婪匹配可以用于匹配输入的字符，一般油% #表示，%是从右向左匹配，#则是从左向右匹配。
%为非贪婪匹配，即匹配最短结果。%从右到左进行非贪婪匹配，如：

v=http.123.com
echo ${v%.*}

通过非贪婪匹配，会匹配到.com，随后便将匹配到的字符删去，随后返回：http.123，通过贪婪匹配可以提取对应的文件名。
正则表达式用来在文件中匹配符合条件的字符串，正则是包含匹配。在Shell中，grep、awk、sed 等命令可以支持正则表达式。
grep 命令用来行提取字符串；cut 命令用来列提取字符串；sed则为一种轻量编辑器，主要通过与正则结合，对文本进行匹配编辑。
在本文中，我们使用grep命令来提取日期。

Shell中的列表(List)

Shell中也有着让我们储存变量的类型，当我们有着多个变量时，便可选择列表（List）进行存储。
shell中列表的定义也非常简单，只需listname=()便可定义一个空列表，随后，这个空列表便可以在循环中不断赋值。
通过类似于切片的操作，可以得到列表哦某一特定下标的元素：

echo ${listTest[1]} #输出列表第二个元素
echo ${listTest[@]} #输出所有List

在本次实例中，我们会定义空列表，来存放提取的文件名与对应日期。

ls命令

ls命令是linux下最常用的命令，是list的缩写，通常用来打印出路径下所有文件名，格式为：

ls [选项] [目录名]
-a 显示所有文件及目录 (. 开头的隐藏文件也会列出)
-l 除文件名称外，亦将文件型态、权限、拥有者、文件大小等资讯详细列出
-r 将文件以相反次序显示(原定依英文字母次序)
-t 将文件依建立时间之先后次序列出
-A 同 -a ，但不列出 "." (目前目录) 及 ".." (父目录)
-F 在列出的文件名称后加一符号；例如可执行档则加 "*", 目录则加 "/"
-R 若目录下有文件，则以下之文件亦皆依序列出

本次实例中，通过ls命令，将符合要求的文件列入循环中。

echo命令

echo命令是一个内置在Bash中的shell，通常用于shell脚本中以显示消息或输出其他命令的结果。

echo [选项] string

echo除了可以用来打印相应的变量，来判断脚本执行情况外，还可以作为参数传递给变量，不过需要注意，在将参数传递给echo命令之前，shell将替换所有变量、通配符匹配和特殊字符。同时，在使用时，应当注意单双引号的使用。

grep命令

Linux grep 命令用于查找文件里符合条件的字符串。

grep [-abcEFGhHilLnqrsvVwxy][-A<显示行数>][-B<显示列数>][-C<显示列数>][-d<进行动作>][-e<范本样式>][-f<范本文件>][--help][范本样式][文件或目录...]

我们可以通过grep命令结合正则，提取出文件名的日期。

Shell中的日期(date命令)

Linux date 命令可以用来显示或设定系统的日期与时间，其中Formate规定了日期输出的格式。

date [OPTION]... [+FORMAT]
-d, --date=STRING：通过字符串显示时间格式，字符串不能是'now'。
-f, --file=DATEFILE：类似于--date; 一次从DATEFILE处理一行。
-I[FMT], --iso-8601[=FMT]：按照 ISO 8601 格式输出时间，FMT 可以为'date'(默认)，'hours'，'minutes'，'seconds'，'ns'。 可用于设置日期和时间的精度，例如：2006-08-14T02:34:56-0600。
-R, --rfc-2822 ： 按照 RFC 5322 格式输出时间和日期，例如: Mon, 14 Aug 2006 02:34:56 -0600。
--rfc-3339=FMT：按照 RFC 3339 格式输出，FMT 可以为'date', 'seconds','ns'中的一个，可用于设置日期和时间的精度， 例如：2006-08-14 02:34:56-06:00。
-r, --reference=FILE：显示文件的上次修改时间。
-s, --set=STRING：根据字符串设置系统时间。
-u, --utc, --universal：显示或设置协调世界时(UTC)。
--help：显示帮助信息。
--version：输出版本信息。

格式化输出：

date +"%Y-%m-%d"
2019-12-07
#输出当前时间2s后时间
date -d "2 second" +"%Y-%m-%d %H:%M.%S"
2018-11-20 14:21.31

在本例中，我们使用date参数，进行date格式的转换，即将yyyymmdd格式转为yyyy-mm-dd

操作-实例

文件遍历

首先，应该将文件夹所有符合要求的文件遍历，输入循环中。
这里我们要提取所有以RDEFT4开头的文件，使用ls命令与for循环。

#!/bin/bash
for file in $(ls [RDEFT4_]*)#遍历所有RDEFT4_开头文件，作为循环输入

提取文件名

这里使用到了贪婪匹配，与变量定义

file_list=() #定义存放文件名的空列表
do
filename=${file%.*} #get the name
        #echo ${filename}
        file_list[${#file_list[*]}]=${filename} #save name

提取日期/格式转换

使用grep从文件名中查找，并用date转换格式

date1=()
date2=()
         basedate1=`echo ${filename} |grep -Eo '[[:digit:]]{8}'` #get date
        basedate2=`date +%Y-%m-%d -d "${basedate1}"` #change format
        date1[${#date1[*]}]=${basedate1}
        date2[${#date2[*]}]=${basedate2}
        #echo ${basedate2}

与NCL结合

以上的代码我们提出了日期，并以两种格式存储，我们需要将这两种格式，循环输出到ncl中。
在ncl里有getenv()函数，可以从shell脚本中获取环境变量，因此我们可以实现：

ymdd1=getenv("basedate1")
ymdd2=getenv("basedate2")#从shell中读取环境变量

 export basedate1=`echo ${filename} |grep -Eo '[[:digit:]]{8}'` #get date
 export basedate2=`date +%Y-%m-%d -d "${basedate1}"` #change format
 ncl wrint_int_RDEFT4.ncl

done

以上便完成了全部操作。

完整代码&小结

Shell脚本的使用让我们在Linux系统下的操作效率大幅度提升，而shell语言本身比之普通的计算语言如：matlab、R、python并无太大区别，只要注意语法细节便可。
语言的入门往往需要以实践为基础，从个人来看，遍历文件夹获取文件名并其中提取日期/数字的操作很适合作为一个入门练习，因为它涉及到了不少基础知识点（循环、变量、匹配、输出、格式转换），同时也非常实用（尤其是对文件名有日期格式要求，而日期不连续的情况下）
shell脚本实现的资源相对较少，希望这篇博文能给后来者起到一定帮助。
完整代码：

#!/bin/bash
file_list=()
date1=()
date2=()
for file in $(ls [RDEFT4_]*)
do 
        filename=${file%.*} #get the name
        #echo ${filename}
        file_list[${#file_list[*]}]=${filename} #save name
        export basedate1=`echo ${filename} |grep -Eo '[[:digit:]]{8}'` #get date
        export basedate2=`date +%Y-%m-%d -d "${basedate1}"` #change format
        #date1[${#date1[*]}]=${basedate1}
        #date2[${#date2[*]}]=${basedate2}
        #echo ${basedate2}
        ncl wrint_int_RDEFT4.ncl

done
#echo ${file_list[*]}
#echo ${date1[*]}
#echo ${date2[*]}