MIMIC IV NOTE数据库安装

背景

2023年1月6日，MIMIC数据库官方发布了MIMIC IV NOTE数据库，该数据库包含了患者出院总结以及患者相关影像学资料，有利于完善疾病诊断方法和了解患者住院治疗过程。但其官方github代码库尚未公布MIMIC IV note数据表格的安装方法。为解决这一问题，本文编写相关creat.sql和load_7z.sql代码用于安装其数据库。

MIMIC NOTE数据形式

Note数据集共包含4个表格

安装目的

为了方便在Navicat中将Note数据表格与已存在MIMIC IV数据表格联动使用，需要将mimic_note作为新的数据SCHEMA存放在mimiciv数据库中。

安装流程

此处默认已完成MIMIC IV数据库的安装，postgresSql和Navicat的安装本文不再赘述。

##数据下载
登录https://physionet.org/content/mimic-iv-note/2.2/
下载相关数据
数据存放位置
在原mimiciv数据存放位置下建立一个新的名为note的文件夹，并将数据存放在该文件夹下。（注意，数据存放的文件夹命名一定要为note，否则需要修改后续load_7z.sql文件）

数据安装

打开

完成登录后，依次输入如下代码：
注意：creat.sql和load_7z.sql为本文设定的代码文件，具体代码在文章后附，需自行复制到文本中并存储为相关文件名

//连接mimiciv数据库
\c mimiciv;
//创建表格 （\i后面填写你电脑中creat.sql存放的位置）
\i C:/Users/Desktop/mimic-code-main/mimic-iv-note/creat.sql
//相关设置
\set mimic_data_dir 'E:/MIMIC/mimic-iv'
\encoding 'UTF8'
//复制文件 （\i后面填写你电脑中load_7z.sql存放的位置）
\i C:/Users/Desktop/mimic-code-main/mimic-iv-note/load_7z.sql

检查

打开navicat检查相关表格是否安装成功

相关代码

creat.sql

-------------------------------------------
-- Create the tables and MIMIC-IV schema --
-------------------------------------------

----------------------
-- Creating schemas --
----------------------

DROP SCHEMA IF EXISTS mimiciv_note CASCADE;
CREATE SCHEMA mimiciv_note;

---------------------
-- Creating tables --
---------------------

-- note schema

DROP TABLE IF EXISTS mimiciv_note.discharge;
CREATE TABLE mimiciv_note.discharge
(
  note_id VARCHAR(25) NOT NULL,
  subject_id INTEGER NOT NULL,
  hadm_id INTEGER NOT NULL,
  note_type CHAR(2) NOT NULL,
  note_seq INTEGER NOT NULL,
  charttime TIMESTAMP NOT NULL,
  storetime TIMESTAMP,
  text TEXT NOT NULL
);

DROP TABLE IF EXISTS mimiciv_note.discharge_detail;
CREATE TABLE mimiciv_note.discharge_detail
(
  note_id VARCHAR(25) NOT NULL,
  subject_id INTEGER NOT NULL,
  field_name VARCHAR(255) NOT NULL,
  field_value TEXT NOT NULL,
  field_ordinal INTEGER NOT NULL
);

DROP TABLE IF EXISTS mimiciv_note.radiology;
CREATE TABLE mimiciv_note.radiology
(
  note_id VARCHAR(25) NOT NULL,
  subject_id INTEGER NOT NULL,
  hadm_id INTEGER,
  note_type CHAR(2) NOT NULL,
  note_seq INTEGER NOT NULL,
  charttime TIMESTAMP NOT NULL,
  storetime TIMESTAMP,
  text TEXT NOT NULL
);

DROP TABLE IF EXISTS mimiciv_note.radiology_detail;
CREATE TABLE mimiciv_note.radiology_detail
(
  note_id VARCHAR(25) NOT NULL,
  subject_id INTEGER NOT NULL,
  field_name VARCHAR(255) NOT NULL,
  field_value TEXT NOT NULL,
  field_ordinal INTEGER NOT NULL
);

load_7z.sql

-----------------------------------------
-- Load data into the MIMIC-IV schemas --
-----------------------------------------

-- To run from a terminal:
--  psql "dbname=<DBNAME> user=<USER>" -v mimic_data_dir=<PATH TO DATA DIR> -f load_gz.sql
\cd :mimic_data_dir

-- making sure that all tables are emtpy and correct encoding is defined -utf8- 
SET CLIENT_ENCODING TO 'utf8';

-- note schema
\cd note


\COPY mimiciv_note.discharge FROM PROGRAM '7z e -so discharge.csv.gz' DELIMITER ',' CSV HEADER NULL '';
\COPY mimiciv_note.discharge_detail FROM PROGRAM '7z e -so discharge_detail.csv.gz' DELIMITER ',' CSV HEADER NULL '';
\COPY mimiciv_note.radiology FROM PROGRAM '7z e -so radiology.csv.gz' DELIMITER ',' CSV HEADER NULL '';
\COPY mimiciv_note.radiology_detail FROM PROGRAM '7z e -so radiology_detail.csv.gz' DELIMITER ',' CSV HEADER NULL '';