RocksDB Compaction的常见问题

大隐隐于野

于 2024-09-30 11:13:10 发布

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1 概述

TiKV 底层存储引擎使用 RocksDB ，RocksDB 是一个基于 LSM tree 的单机嵌入式数据库，对于LSM Tree 来说compaction是个非常重要的操作，本文对TiKV中涉及的compaction相关内容进行了整理总结。

2 为什么需要 compaction ?

LSM Tree 通过将所有的数据修改操作转换为追加写方式：对于 insert 直接写入新的kv，对于 update 则写入修改后的kv，对于 delete 则写入一条 tombstone 标记删除的记录。通过这种方式将磁盘的随机写入转换为顺序写从而提高了写入性能，但不能进行 in-place 更新，由此带来了以下问题：

1、大量的冗余和无效数据占用磁盘空间，造成空间放大。

2、读取数据时如果内存中没有的话，需要从L0层开始进行查找sst file，造成读放大。

因此通过 compaction 操作将数据下层进行合并、清理已标记删除的数据降低空间放大、读放大的影响。但是compaction 又带来了写放大的问题，因此不同的数据库根据需要使用不同的compact 策略，以达到读、写、空间最优的平衡。Compaction属于资源密集型操作，需要读写大量的数据并进行排序，消耗较多的IO、CPU资源。

3 Compaction做什么？

RocksDB的compaction 包含2方面：一是memtable写满后flush到磁盘，这是一种特殊的compacttion，也称为minor compaction。二是从L0 层开始往下层合并数据，也被称为major compaction，也是常说的compaction。

Compaction 实际上就是一个归并排序的过程，将Ln层写入Ln+1层，过滤掉已经delete的数据，实现数据物理删除。其主要过程:

1、准备：根据一定条件和优先级等从Ln/Ln+1层选择需要合并的sst文件，确定需要处理的key范围。

2、处理：将读到key value数据，进行合并、排序，处理不同类型的key的操作。

3、写入：将排序好的数据写入到Ln+1层sst文件，更新元数据信息。

4 Compaction有哪些常见算法？

以下几种算法是学术性的理论算法，不同的数据库在具体实现时会有优化调整

Classic Leveled

由O'Neil 在 LSM tree 论文中第一次提出，该算法中每层只有一个Sorted-Run(每个sorted-run 是一组有序的数据集合) ，以分区方式包含在多个文件内，每一层大小是上一层的固定倍数(叫fanout)。合并时使用all-to-all方式, 每次都将Ln的所有数据合并到Ln+1层，并将Ln+1层重写，会读取Ln+1层所有数据。 RocskDB使用some-to-some方式每次合并时只读写部分数据。

Leveled-N

和上面Classic Leveled 类似，不过每层可以有N个Rorted-Run，每层的数据不是完全有序的。

Tiered

Tiered 方式同样每层可以包含多个Sorted-Run ，Ln 层所有的数据向下合并到Ln+1层新的Sorted-Run，不需要读取Ln+1层原有的数据。Tiered方式能够最大的减少写放大，提升写入性能。

FIFO

只有1层，写放大最小，每次compaction删除最老的文件，适合于带时间序列的数据。

RocksDB中compaction 算法支持Leveled compaction、Universal compaction、FIFO compaction。对于Leveled compaction实际上是 tiered+leveled组合方式(后续描述均为此方式)，Universal compaction 即 tiered compaction。

RocksDB的leveled compaction中 level 0包含有多个sorted-run，有多个sst文件，之间存在数据重叠，在compaction时将所有L0文件合并到L1层。对于L1-Lmax 层，每一层都是一个有序的Rorted-Run，包含有多个sst file。在进行读取时首先使用二分查找可能包含数据的文件，然后在文件内使用二分查找需要的数据。

在TiKV 内可使用compaction-style参数修改每个CF的compaction 算法，支持的选项值包括0- level compaction(默认)、1-universal compaction 、2- FIFO，而Level总层数可通过参数num-levels控制，默认为7层。

5 ColumnFamily和SST file的关系？

RocksDB内使用Column Family(CF) 来进行数据的逻辑隔离，CF内可以使用不同的key，每个CF使用不同的memtable和sst文件，所有的 CF 共享WAL、Manifest。每个 CF 的memtable flush时都会切换WAL，其他的CF也开始使用新的WAL，旧的WAL要保证里面所有CF的数据都被flush后才能删除。

在RocskDB内每个Column Family都分配了一个ID，在SST文件有Column Family ID，默认L1层sst file的大小由参数target-file-size-base决定，L2-Lmax的sst文件大小为target-file-size-base*target_file_size_multiplier (默认为1), TiDB内支持参数target-file-size-base，默认为8M。

经过CF的逻辑划分后类似结构如下:

在TiDB中存在2个rocksdb实例,一个用于存储实际的用户数据，称为kv db，另一个用于存储raft log，叫做raft db(6.1.0版本开始raft db 默认被raft egine取代)。kv db 有4个CF：default、write、lock、raft ，raft db只有一个default CF。

6 什么时候触发compaction ?

RocksDB的 compaction 由后台线程 BGWorkCompaction 进行调度。该线程的触发一般有手动触发和自动触发两种情况：

手动触发

RocksDB 提供CompactRange、CompactFiles等接口允许用户手动compaction，从而使用户能根据自己的场景触发compaction。

自动触发

当WAL切换或memtable被写满后会调用检查是否需要进行compaction，具体如下：

1、 Memtable达到write-buffer-size(TiKV内默认128M)参数大小时会转换为immtuable memtable 等待flush到磁盘，并开启一个新的memtable用于写入。

2、 Memtable flush 时会导致WAL 切换，同时当 WAL 大小达到max-total-wal-size(TiKV默认4G) 时也会进行切换。

3、当达到如下条件时则调度compaction线程执行compact操作。

(1) sst文件设置以下标记时：达到ttl时间、达到定期compaction时间、已被标记为compaction等。

(2) 遍历所有level，计算每层的score，如果score>1，则需要compaction，当有多个level都达到触发条件时，会选择score最大的level先进行compact。score计算方法如下：

L0层：当前L0 sst文件数和level0-file-num-compaction-trigger参数比例。

L1层：Ln层总大小(不包含正在compact的文件)和max-bytes-for-level-base*max-bytes-for-level-multiplier^(N-1)的比例。

除了上面的条件触发方式外，RocksDB使用BottomMost Recompaction对最底层的delete记录进行再次检查和清理：当某个操作执行时其快照引用的文件位于最底层时，如果包含很多delete则这些delete的数据不能通过正常的compact方式清理掉，因此在操作执行完后release snapshot时重新检查bottommost level ，确定哪些文件可以被compact，comapct后生成的文件仍位于最底层。

自动compaction可通过disable-auto-compactions 参数关闭，从而可以让用户只使用自定义的compaction 策略，TiKV内同样支持该参数设置。Compaction 的触发原因可通过监控TiKV Detail –> RocksDB KV/ RocksDB raft -> Compaction reason查看。

7 Compaction时选择那些文件?

当选定需要compaction的Ln层后便需要决定需要向下层合并哪些文件，在选择需要合并的文件时主要考虑2方面：文件优先级和范围边界。

文件优先级

选择优先级最高的文件进行合并，如果该文件正被其他线程进行合并，则按照优先级依次往下选择。目前有4种优先级策略，在tikv内可通过参数compaction-pri设置，可选值

0 (ByCompensatedSize)，1 (OldestLargestSeqFirst)，2 (OldestSmallestSeqFirst)，3 (MinOverlappingRatio)。

1、 ByCompensatedSize

优先选择包含delete做多的文件，越早删除的数据就越早compact，减少空间放大和读放大

2、 OldestLargestSeqFirst

优先选择最后更新时间最早的文件，将文件上的冷数据合并到下一层，相对热数据留在上一层，减少读放大。 TiKV 的 lockcf默认使用该策略。

3、 OldestSmallestSeqFirst

优先选择包含最老数据的文件，通常有较大key范围数据长时间未向下合并，与下层的key重叠较少，减少写放大。

4、 MinOverlappingRatio

优先选择和下层key重叠率最小的文件，TiKV 的 defaultcf 、writecf 的默认使用策略。

范围边界

通过文件优先级选定文件后还要考虑文件的key范围，扩大需要compact的文件范围，如下5个文件，如果在f3优先级最高，则在compact时同时将{f2,f3,f4} 3个文件向下合并，因为f2、f4中key范围与f3有重叠，因此compact的key范围由[k4,k6]扩展到了[k3,k8]。如果选择的文件中有任何文件在被compact则会终止compact文件选择过程。

对于Ln+1层需要按照上述方式对与Ln层有重叠key范围的文件进行扩展，然后将Ln、Ln+1选择的文件内的key作为input数据进行归并排序、清理冗余数据后写入Ln+1 层。如果Ln 层要compact的文件与下层无重叠，则直接将该文件移动到Ln+1层。

为了限制每次compaction的量大小，RocksDB支持通过max_compaction_bytes参数限制每轮compact的大小，该参数仅限制input level的大小，TiKV内支持该参数配置

8 L0 层文件堆积后如何处理？

当有大量数据写入时，如果L0 到 L1 的compaction速度来不及处理会导致L0层文件逐渐累积增多，通过subcompact并行方式可提升L0层compact速度。当L0层文件数量达到一定数量后则会引起write stall，文件数量达到level0-slowdown-writes-trigger 后会降低写入速度，当达到level0-stop-writes-trigger后则完全停止写入。

当L0 向L1 层合并时，如果L1层的sst file正在往 L2层合并被锁住，将导致本次L0 -> L1层的compact不能执行，因此造成L0层文件不能及时清理。基于此RocksDB引入了intra-L0 compaction，即在发生上述情况时在L0层内部进行compact,将多个sst file合并为1个大的sst file，以此减少L0层文件数量，在一定程度上能够提升L0层的读性能和减少write stall的发生。

9 如何设置compaction并发线程数？

Flush & Compaction

Flush线程和Compaction线程是RocksDB的2类后台线程，使用线程池方式管理，在memtable写满或WAL切换时检查是否需要flush或compaction，如果需要则从线程池里调度线程完成flush或compaction。

默认情况下RocksDB(5.6.1版本)对flush 和 compaction线程池统一进行管理，通过Options::max_background_jobs选项可设置后台线程最大数量，RocksDB会自动调整flush和compaction线程数量。仍可以通过Options::max_background_flushes和Options::max_background_compactions选项设置flush和compact线程的数量。flush线程由于其关键性会放入HighPriority线程池，而compact线程放入LowPriority线程池。

TiKV内提供了参数max-background-jobs、max-background-flushes可用于调整Options::max_background_jobs和Options::max_background_flushes，TiKV 会根据上述参数值计算compact线程数量。TiKV内线程数默认计算如下：

max_background_jobs = MAX(2, max-background-jobs参数)

max_flushs = MIN(max_background_jobs+ 3) / 4, max_background_flushes)

max_compactions = max_background_jobs - max_flushs

SubCompaction

由于L0层文件由memtable flush生成文件之间存在重叠，不能以sst file为最小分组单位进行并发compaction，因此通过单线程将L0所有文件都合并到L1层。L0 to L1的并发合并使用subcompaction方式：

(1) 首先获取L0层和L1层涉及的每个sst文件的smallest key/largest key

(2) 将这些Key去重排序，每2个key分为一组作为一个range，预估key范围覆盖的sst文件的总大小sum。

(3) 根据参数max_subcompaction、range的数量、sum/4.0/5/max_file_size中的最小值决定subcompaction线程数量。

(4) 将range分配给每个线程，每个线程只处理文件的一部分key的compact，最后compact主线程将subcompact线程的结果进行合并整理。

在TiKV内可通过参数max-sub-compactions设置subcompaction的最大并发线程数，kv db默认为3，raft db默认为2。SubCompact线程数量不受max-background-jobs限制，但TiKV内设置的默认数量受max_compaction线程数影响，计算方式为：max_sub_compactions =MAX(1,MIN(max_sub_compactions参数, (max_compactions - 1)))。

除了L0 -> L1 compact时可使用subcompaction外，在manual compaction(leveled compction)时L1+层也使用subcompaction以加快速度。

10 SST文件什么时候删除？

RocksDB使用version来表示数据库的当前状态（即某一时刻sst文件的集合），每当增加或删除一个sst file时都会对Manifest增加一条version edit记录。当执行查询或修改时会引用当前version，同时会对该version下的sst file设置reference count。

Compact完成后会在output level生成新的文件，同时需要删除旧的Input 文件，如果仍有其他操作在compact后仍未执行完成，则在compact后不能立即将需要的文件删除，等到sst file的reference count降为0后才能将文件真正的删除。

11 Compaction Guard

如前面介绍，在compact选择文件时由于key范围重叠，因此会扩展选定的sst 文件，以包含进所有需要的Key，由此会造成的问题是需要额外读写一些多余的key，同时由于一个sst file里可能包含有多个不同的key，在对某段范围key删除后不方便直接删除sst file。

Comapction Guard 是根据key将sst文件分隔成一个个具有指定边界的小文件，从而降低compaction时读写key数量和方便物理删除sst file。

TiKV利用RocksDB的 SST Partitioner接口实现compaction guard，在compact时将sst file 按照region的 end key进行切分，实现了大部分的region和sst file对应，只对kv db的default CF、write CF有效，通过按region 切分sst file后可以实现sst file的快速删除，也能提升region迁移速度。

该功能默认启用通过参数enable_compaction_guard设置，当启用后使用compaction-guard-max-output-file-size覆盖target-file-size-base的参数值。如果sst file大小小于compaction-guard-min-output-file-size(默认8M)或大于compaction-guard-maxt-output-file-size时都不会触发compaction guard进行切分。

12 TiDB内有哪些场景触发Compaction?

和RocksDB类似TiDB内也有自动和手动compaction，不过无论是自动还手动都是通过调用RockDB的manual compaction函数在RocksDB内产生一次手动compact。

自动compaction

对于wirte/default cf，每隔region-compact-check-interval(默认5分钟)时间，就会检查是否需要触发手动RocskDB 的compact，如果一个region中tombstone key数量超过region-compact-min-tombstones (默认10000)并且tombstone key数量超过Key数量的region-compact-tombstones-percent（默认30%）,则会触发tikv的自动compaction，每次会检查region-compact-check-step(默认100)个region，tikv会调用RockDB的manual compaction函数CompactRange 在RocksDB内产生一次手动compact。

对于lockcf 每隔lock-cf-compact-threshold(默认10分钟)，如果lockcf的数据量达到lock-cf-compact-threshold则会调用RockDB的manual compaction函数。

手动compaction

手动compaction是指使用tikv-ctl 命令执行的compact。具体可参考TiDB官方文档tikv-ctl工具介绍。

tikv-ctl  --host  tikv_ip:port  compact -d kv -c default
tikv-ctl  --host  tikv_ip:port compact -d kv -c write --bottommost force

13 WriteStall有哪些触发场景

当RocksDB的flush或compact 速度落后于数据写入速度就会增加空间放大和读放大，可能导致磁盘空间被撑满或严重的读性能下降，为此则需要限制数据写入速度或者完全停止写入，这个限制就是write stall， write stall触发原因有：1、 memtable数量过多 2、L0文件数量过多 3、待compact的数据量过多。

memtable数量过多

当memtable数量达到min-write-buffer-number-to-merge(默认值为1)

参数个时会触发flsush，Flush慢主要由于磁盘性能问题引起，当等待flush的memetable数量达到参数max-write-buffer-number时会完全停止写入。当max-write-buffer-number>3且等待flush的memetable数量>=参数max-write-buffer-number-1时会降低写入速度。

当由于memtable数量引起write stall时，内存充足的情况下可尝试调大max-write-buffer-number、max_background_jobs 、write_buffer_size 进行缓解。

L0数量过多

当L0 sst文件数达到level0_slowdown_writes_trigger后会触发write stall 降低写入速度，当达到level0_stop_writes_trigger则完全停止写入。

当由于memtable数量引起write stall时，内存充足的情况下可尝试调大max_background_jobs 、write_buffer_size、min-write-buffer-number-to-merge进行缓解。

待compact的数据量过多

当需要compact的文件数量达到soft_pending_compaction_byte参数值时会触发write stall，降低写入速度，当达到hard_pending_compaction_byte时会完全停止写入.

TiKV内提供了相关监控用于观察compact的相关活动，可通过TiKV Detail -> RockDB KV/rfat 中相关面板查看。

触发write stall的原因可通过Write Stall Reason面板查看。

等待compact的文件大小：

Compact的读写速度：

5.2版本开始，tidb优化流控机制，在scheduler层进行流控代替rocksdb的wrtie stall机制，可以避免 write stall 机制卡住 Raftstore 或 Apply 线程导致的次生问题，该功能通过storage.flow-control控制是否开启流量控制机制。开启后，TiKV 会自动关闭 KV DB 的 write stall 机制，还会关闭 RaftDB 中除 memtable 以外的 write stall 机制，除此之外还可以使用memtables-threshold、l0-files-threshold、soft-pending-compaction-bytes-limit、hard-pending-compaction-bytes-limit等参数来进行控制。

14 GC 和 Compaction有哪些关联？

为防止系统中存在大量历史版本数据影响系统性能，TiKV会定期进行GC清理已经过期的历史版本，每隔tidb_gc_run_interval时间就发起一次GC，GC过程主要清理3个步骤，1、resolve lock 清理锁，实际调用使用RockDB的 delete将记录设置为tombstone 。2、truncate/drop table或Index后的sst文件清理，直接使用物理删除sst文件方式。 3、MVCC版本清理，使用RockDB的delete将记录设置为tombstone ，（GC相关原理可参考：TiDB GC 之原理浅析专栏 - TiDB GC 之原理浅析 | TiDB 社区）。

从GC原理可以看出虽然在TiKV层执行的数据清理但在底层RocksDB存储引擎数据是仍然存在的，只是增加了一个被设置了删除标记tombstone记录，对于tombstone记录要等到compact到最底层bottom level时才能真正的删除。

GC属于资源密集型操作，需要较多的IO和CPU消耗，TiDB在5.0版本引入了GC in Compaction Filter功能，在RocksDB compact时进行GC，以降低每次定期GC时处理的数据量，加快GC处理速度，从而减少读操作和降低CPU。CompactionFilter是RocksDB的提供的一个接口，允许用户根据自定义的逻辑去修改或删除 KV，从而实现自定义的垃圾回收。

当RocksDB执行compact时会调用TiKV的CompactionFilter逻辑，获取当前safepoint时间，然后对比WriteCF中的commit_ts，对于safepoint前的记录则不会保留，之后采用异步的方式清理DefaultCF中的对应数据。由于异步清理defaultCF会导致在WriteCF中版本记录已经清理但DefaultCF中的记录却没有清理，产生orphan version，为此TiKV增加了DefaultCF中orphan version记录的清理功能，官方对应GC in Compaction Filter功能也在不断的增强和完善。

GC时CPU监控可通过TiKV Detail -> Thread CPU -> GC Worker CPU面板查看，GC运行的相关监控可通过 TiKV Detail -> GC 相关面板查看。