图像处理 / 可视化
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Image processing
pandako7
这个作者很懒,什么都没留下…
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Ubuntu docker镜像中下载安装 DPABI(DPARSF)
在Ubuntu服务器的docker镜像中用MATLAB运行DPABI(以及使用DPARSF的功能)。原创 2024-07-20 15:30:29 · 892 阅读 · 2 评论 -
获取 3D Slicer 的配色/色彩方案
在自己做一些可视化工具的时候,要完全自己定义配色方案还是有点麻烦的,所以这里直接获取 3D Slicer 里对于不同分段的配色方案。在 All Modules 里选中 Colors在 Colors 里选中需要的配色方案点击Save选中ctbl文件,选择好路径保存这个文件可以直接转成txt,格式是:label name R G B A3D Slicer版本:4.10.2Reference:https://www.slicer.org/wiki/Documentat原创 2021-11-08 14:36:22 · 856 阅读 · 0 评论 -
C++ VTK VMTK 提取血管中心线
VMTK是一个基于VTK和ITK的工具包,主要用于血管的3D重建、几何分析、网格生成、血管分割。可以直接官网下载下来按照它的PypeS规则,结合Python,命令行直接使用;也可以下载源码自己编译,在代码中使用。算法VMTK提供了一个准确的血管或管状物体的中线生成算法。这个算法是由 Luca Antiga 在他的博士论文中提出,算法的输入是血管的表面数据和中线的起止点。主要思路是用Delaunay三角剖分算法算出血管Voronoi图,图上的点是血管最大内接球的球心,再由提供的起止点,在这些球心点中根据半原创 2021-08-24 21:05:04 · 7668 阅读 · 26 评论 -
Python VTK numpy数据3D可视化
在Python的3D图像处理中,通常用numpy array来进行非常方便的计算或者转化,这里记录一下numpy数据的VTK可视化基本流程,包括面绘制(Surfase Rendering)和体绘制(Volume Rendering)。除去数据格式转化,面绘制和体绘制在C++中也是类似的处理方法。numpy数据转成vtkImageData首先得把numpy数据转成vtk里可以用的格式:numpy array -> vtkIImageData。这里的numpy array是一个离散的三维空间数据场,0原创 2021-08-23 17:24:38 · 9414 阅读 · 3 评论 -
Python VTK 单窗口多分屏 同步操作
VTK中的vtkRenderWindow()可以创造一个显示窗口,我们可以配置多个vtkRenderer(),并用SetViewPort()来对该窗口进行多分屏。这里实现了多分屏的实时同步操作(通过控制相机对物体旋转、放大、缩小)。import vtkclass InteractionCallback: def __init__(self): self.renderer_list = [] def execute(self, this, event): if event == "Mod原创 2021-07-29 11:40:01 · 1565 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu ITK / VTK 源码编译安装
使用的系统是Ubuntu 18.04.4 LTS (64-bit)。下载源码ITK源码下载地址:https://itk.org/download/VTK源码下载地址:https://vtk.org/download/CMake以VTK为例,解压下载到的压缩包,新建一个文件夹来存放编译后的结果。如图,将VTK-8.1.2.zip解压到VTK-8.1.2,并新建文件夹VTK-build。然后使用CMake来编译。# 下载sudo apt-get install cmakesudo apt-g原创 2020-12-01 17:08:09 · 1124 阅读 · 0 评论