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GEO
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维他柠檬茶天下第一
Bioinfo Stu From NJMU.
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【Bioinfo Blog 010】【R Code 009】——ComBat处理GEO数据批次效应
一、Batch Effect1.1 什么是批次效应(batch effect)?批次效应是测量结果中的一部分,它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式,并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据,同一平台的不同时期的数据,同一个样品不同试剂的数据,以及同一个样品不同时间的数据等等都会产生一种 batch effect。校正批次效应的目的是减少batch之间的差异,从而更好的获取不同生物学状态之间的差异。1.2 数据标准化可以去除批次效应吗?组学大讲堂上给出的答案是:能够减弱,不能从根本上消除原创 2020-12-14 13:32:45 · 6888 阅读 · 7 评论 -
【Bioinfo Blog 006】【R Code 005】——GEO表达谱数据质控
数据下载及质控GEO数据下载GEOquery包安装注意:需要R 4.0及以上if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery").cel数据下载getGEOSuppFiles("GSE65496")## 定位到目标目录后,解压文件untar("GSE46106_RAW.tar")读取.c原创 2020-11-28 10:32:25 · 2905 阅读 · 2 评论