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R Code
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Bioinfo Stu From NJMU.
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【Bioinfo Blog 013】【R Code 011】——甲基化芯片数据分析(ChAMP包)
目录一、甲基化芯片检测原理二、甲基化芯片数据分析2.1 数据预处理2.2.1 数据整理2.2.2 质控2.2 甲基化分析2.3 CNV分析2.4 差异甲基化位点注释一、甲基化芯片检测原理二、甲基化芯片数据分析2.1 数据预处理2.2.1 数据整理2.2.2 质控2.2 甲基化分析2.3 CNV分析2.4 差异甲基化位点注释...原创 2021-01-07 19:26:42 · 3478 阅读 · 1 评论 -
【Bioinfo Blog 012】【R Code 010】——生存分析(Kaplan-Meier & Cox)
来看生存分析~原创 2020-12-21 12:22:36 · 1440 阅读 · 0 评论 -
【Bioinfo Blog 011】【R Code 008】——功能富集分析
一、基因集功能富集分析(Gene Set Enrichment Analysis)基因功能富集分析,是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析,挖掘在数据库中与我们要研究的生物学问题具有显著相关性的基因功能类别。For example, given a set of genes that are up-regulated under certain conditions, an enrichment analysis will find which Ontology terms are over-rep原创 2020-12-17 10:53:00 · 2934 阅读 · 0 评论 -
【Bioinfo Blog 010】【R Code 009】——ComBat处理GEO数据批次效应
一、Batch Effect1.1 什么是批次效应(batch effect)?批次效应是测量结果中的一部分,它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式,并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据,同一平台的不同时期的数据,同一个样品不同试剂的数据,以及同一个样品不同时间的数据等等都会产生一种 batch effect。校正批次效应的目的是减少batch之间的差异,从而更好的获取不同生物学状态之间的差异。1.2 数据标准化可以去除批次效应吗?组学大讲堂上给出的答案是:能够减弱,不能从根本上消除原创 2020-12-14 13:32:45 · 6888 阅读 · 7 评论 -
【Bioinfo Blog 006】【R Code 005】——GEO表达谱数据质控
数据下载及质控GEO数据下载GEOquery包安装注意:需要R 4.0及以上if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery").cel数据下载getGEOSuppFiles("GSE65496")## 定位到目标目录后,解压文件untar("GSE46106_RAW.tar")读取.c原创 2020-11-28 10:32:25 · 2905 阅读 · 2 评论 -
【Bioinfo Blog 004】【R Code 004】——缺失值查找与处理合集(未完)
缺失值查找1、NA判断与计数is.na() # 判断缺失值any(is.na(dat)) # 检查是否存在缺失值sum(is.na(dat)) # 计算dat含有的NA个数sum(!is.na(dat $ V1)) # 计算V1列中非NA的个数2、NA定位缺失值处理1、删除所有含NA样本complete.cases() # 可用来识别矩阵或数据框中没有缺失值的行,若每行都包含完整样本,则返回TRUE,若每行有一个或多个NA,则返回FALSEnewdata=dat[compl原创 2020-11-22 15:44:46 · 217 阅读 · 0 评论 -
【Bioinfo Blog 003】【R Code 003】——ForestPlot
Introduction森林图是以统计指标和统计分析方法为基础,用数值运算结果绘制出的图型。它在平面直角坐标系中,以一条垂直的无效线(横坐标刻度为1或0)为中心,用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间。分类变量的森林图当某研究RR(OR,RD)的95%CI包含了1,可认为试验组发生率与对照组发生率相等,试验因素无效。当某研究RR(OR,RD)的95%CI上下限均>1,可认为试验组的发生率大于对照组的发生率。2.1 若研究者所研究的事件是不利事件(如发病、患病、死亡等)原创 2020-11-20 10:19:15 · 459 阅读 · 0 评论 -
【Bioinfo Blog 002】【R Code 002】【ggplot2 001】geom_boxplot
Introductionboxplot代码记录最近发现一个超好用的ggplot2辅助工具包:ggThemeAssist用shiny交互式的生成想要的样式,一键输出theme的代码,超级超级好用!放心把ggplot出的图赋值后交给他吧!ggThemeAssistGadget(p6)还有ggsci,我不允许有人不知道它!The Simpsons的调色板莫名好看!!教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsciR Codelibrary(ggplot2)library(ggsci)libr原创 2020-11-15 15:27:04 · 195 阅读 · 0 评论 -
【Bioinfo Blog 001】【R Code 001】——TukeyMethodToRemoveOutliers
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